首先，你的题目肯定是事实，明朝历史一定是被篡改了，出于简单明了，只说几个点:
一、中国的历史历来都是官修，也就是说只有官方才能编写史书，民间是不可以修史的，为什么？当然是怕把真相写进史书了，而每一个新朝代的建立都是屠杀和血腥，后人读了会不爽的。比如康熙时著名的“明史案”，庄廷龙修的《明史》如实记载了清军屠杀江南人民的“扬州十日”“嘉定三屠”，所以才招致灭门之祸，只不过康熙的借口是说他书中仍然擅用亡明年号。这一点就说明很多史书里本身都隐瞒了或篡改了部分历史，因此，作为封建专制和思想控制最为严重的清朝，他编的史书里不可信的就更多了。
二、中国历来都是本朝修前朝的史。这一点史是接着上面一条最后一句话来说的，本朝写前朝史，必定是一部抹黑史。因为本朝和前朝的关系太过紧密，前朝往往是由本朝推翻，为了证明本朝的合法性正确性，必然要极尽抹黑前朝之能事。举几个非常简单的例子，崇祯杀袁崇焕居然是因为皇太极用了《三国演义》中“蒋干中计”的桥段，说崇祯中了回来告密的太监的反间计，怒杀袁崇焕，这就是典型的抹黑前朝皇帝。崇祯虽然问题很多，但断然不会傻到这种田地。
还有就是张献忠，说其嗜杀成性，平日喜怒无常，动辄杀人。尤其是治蜀期间，一日数变，一会儿杀大臣，一会儿杀举人，一会儿杀驸马，一会儿又屠城。我想，张献忠为人嗜杀成性可能是真的，但真的变态到这地步我不怎么信。不管他是什么人，想当皇帝统治一方是肯定的，逢人便杀，成批成批的屠杀百姓，这不符合古代任何一个统治者的初衷，因为没有了人，就没有了统治的基础，钱粮赋税徭役从哪来？再说，他这么神经质，手下人都拥护他？这类抹黑明朝的例子有的是，不一一例举了。
三、清朝的特殊性决定他在抹黑篡改和专制这条路上走的一定会更疯狂。满清是东北那嘎达的少数民族，人口很少，做梦都没想到将来有一天可以入主中原，统领神州。所以多尔衮入关后很多高层还主张像以前那样把北京抢劫一空，然后一把火烧了继续回沈阳。是多尔衮坚持留下来定都北京，最后统一中国。
但是满清骨子里始终认为汉人和自己不是一条心，一是时不时想造反，把自己再赶回东北那嘎达吃雪，所以他们处处压制汉人，而且东北禁止汉人进入，以防止将来退回东北发现老窝被端了。二是自己往上数三代都是纯文盲，汉人始终看不起自己，这样催生了两个结果，一个结果是清朝对皇子的教育非常系统，皇子们读书也非常努力，所以清朝皇家的知识水平整体不错，个人修为都不错（事实证明文盲当政必出奇葩）。第二个结果就是严格管控舆论，任何文字诗句都可能变成对皇家的影射，所以清朝文字狱横行，这是满清文化不自信的巨大表现。连“清风不识字，何故乱翻书”这样的诗句都能当成对自己的诋毁，可见史书得被篡改成什么样子，明朝得被抹黑成什么样子。
因此，满清抹黑明朝是肯定的，张廷玉的《明史》中不足为信的也肯定不少，当然了，历史上多少正史又是可信的？要我说，也许正史反而是野史，而野史也许才是正史。