1949年4月的渡江战役，主要是由第二和第三野战军的百万雄师发起的，而第四野战军主力则于5月间从长江中游挥师南下，目标直指盘踞华中地区的白崇禧集团。为了确保四野在湘鄂赣地区顺利寻歼桂敌，西柏坡电令已经到达江西赣州的二野四兵团暂归四野统一指挥，兵团司令员陈赓接电后颇为尴尬，但仍然不折不扣地执行了命令。
（抗战时期的林彪）
这是人民解放军著名将帅之间的历史传奇，因为陈赓是黄埔一期毕业生，1924年11月毕业后并没有被分配到黄埔军校教导团，而是留校担任黄埔二期入伍生的连长，此后相继担任第三期步兵科副队长、第四期步兵科第一团七连连长等职务。而林彪考入黄埔第四期时，被编入步兵科第二团八连，虽然两人不是直接的上下级，但就军中资历而言，陈赓仍然是林彪名符其实的“教官”。
1927年南昌起义的时候，原第二方面军特务营营长陈赓转任第3师6团一营长，而林彪是第25师73团的一名连长，陈赓仍然是林彪的上级。据说在起义军南下途中与敌钱大钧部作战中，陈赓还在火线上指挥过林彪，有“你再不执行命令我就枪毙你！”的故事，只是未经考证不好定论。不过总体而言，陈赓在早年确曾是林彪的“师长”，一直到抗日战争时期，两人的军职才正式颠倒过来。
（抗战时期的陈赓）
1937年红军改编为八路军，林彪出任以红一方面军为主体组建的第115师师长，而同样是一方面军出身走过长征的陈赓被任命为第129师（四方面军为主）386旅旅长，从此成为刘邓麾下的名将，进而成为第二野战军兵团司令员。到了解放战争时期，林彪已经是第四野战军司令员，但林陈二人在这十余年中毕竟没有直接隶属关系。
现在二野第四兵团既然配属给林彪指挥，则陈赓就成为了林彪的直接下级，两人虽未见面，但终究还是在电波中确立了指挥关系，共同开始对蒋军残余的南线大追歼。而就在第四野战军主力和二野四兵团横扫中南期间，陈赓曾经三次违抗林彪的军令，续写了一段将帅传奇，其实电影《南线大追歼》里有关于这个细节的特别描述，包括陈赓故意关闭电台的桥段。
第一次是西进和南下之争，在四野主力向湖南纵深压迫之际，林彪电令第四兵团自赣州出动，西渡赣江经宜春、萍乡杀入湖南，配合正面的四野主力侧击白崇禧集团。陈赓接到命令后，认为桂敌必然继续收缩，以四兵团现有位置西进至多形成击溃战，实难有大的作为，应该贯彻毛泽东“大迂回、大包围”的战略南下广东，合围所有中南地区的蒋军残余。
在考虑成熟之后，陈赓果断致电西柏坡并报四野前指、二野司令部，建议他率领四兵团直插广东，封闭白崇禧集团和余汉谋集团的退路，同时也说明部队集结完毕，随时准备执行四野的作战计划，而黄埔师弟林彪非常坚决，第一时间回电：“我决心已下，不可更改，立即执行”！就在陈赓倍感为难之际，西柏坡指示到达：二野四兵团和四野第十五兵团的两个军，统由陈赓指挥南下广东，再深入迂回广西和云南。
（陈赓和粟裕两位大将）
陈赓如释重负立即开拔，指挥五个军直扑粤北，1949年10月初兵临广州城下，余汉谋所部望风而逃，广州这个华南第一大城市已唾手可得。此时陈赓又接到林彪来电，命令四兵团等部停止前进，主力转而向西进入桂（林）柳（州）地区，以达到与四野主力会歼白崇禧的目的。陈赓对着地图思谋良久，认为所部距离目标1300余里，以时间计算不如调动其他四野部队为宜，并且还将延迟广州解放的速度，于是再次电陈利害。
西柏坡高屋建瓴回复所请：“同意陈赓意见，决定四兵团仍照原任务执行”，而林彪审时度势后也以为然，开国将帅们的战略眼光的确不是盖的。1949年10月14日广州解放，陈赓命令兵团主力不许进城，马不停蹄追歼余汉谋集团，终于在阳江消灭其主力60000余人，取得“阳江大捷”。并且陈赓意识到，白崇禧集团残部必然企图通过雷州半岛出海逃跑，因此以第13军、第15军重兵驻于咽喉之处廉江，准备与四野合围残敌。
狡猾的白崇禧为了夺路出海，首先派出鲁道源兵团大举向东突围，试图以此佯动“声东击西”调动我军，四野前指电令四兵团除留一个师扼守廉江外，主力北上与四野在运动中会歼鲁道源，陈赓接电大吃一惊。四兵团首长一致认为：一个师是无论如何阻挡不住桂系主力的，设若雷州半岛有失，则白崇禧可以轻而易举从海上逃走，如果四兵团主力卡住半岛入口，则不仅白崇禧插翅难逃，鲁道源早晚也是瓮中之鳖。
几经思索后陈赓第三次抗命，以委婉的语气同时致电四野和军委，建议所部以控制出海口为主要任务，西柏坡以巨大的权威平息了将帅之争，回电迅速而简短：“同意陈赓同志建议”。1949年12月1日，白崇禧残部在博白战役中被二野和四野各一部全歼，纵横民国20多年的桂系集团灰飞烟灭。而林彪与陈赓之间关于战役细节的军事争论，以及互相之间的尊重也由此传为一段佳话，每每陈赓提出反对意见时，林彪最多只是苦笑。
1955年9月，林彪被授予元帅军衔，陈赓被授予大将军衔。