菩提祖师在孙悟空脑袋上敲了三下，确实是让他学艺。
在《西游记》中，孙悟空为求长生之法漂洋过海，历经辛酸，终于拜在菩提祖师的门下。
然而菩提祖师弟子众多，和孙悟空一起学艺的师兄弟们都没有什么太大追求，普通的法术他们即已满足。
在一次课堂上菩提祖师问弟子们想学什么法术，孙悟空说出了自己的需求，要习长生之法。对此菩提祖师佯怒，在他后脑勺上敲了三下，而孙悟空则参透了其中用意，在半夜三更时从后门去找祖师学法。菩提祖师看到孙悟空参透了自己的哑谜，也看出了孙悟空聪慧，所以就欣然传他长生之法。
悟空道：“师父昨日坛前对众相允，教弟子三更时候，从后门里传我道理，故此大胆径拜老爷榻下。”祖师听说，十分欢喜，暗自寻思道：“这厮果然是个天地生成的！不然，何就打破我盘中之暗谜也？”悟空道：“此间更无六耳，止只弟子一人，望师父大舍慈悲，传与我长生之道罢，永不忘恩！”祖师道：“你今有缘，我亦喜说。既识得盘中暗谜，你近前来，仔细听之，当传与你长生之妙道也。”
孙悟空学艺这段故事取材于六祖慧能的经历，说到六祖慧能可能很少有人知道，但说到他的四句偈大家肯定就很熟悉了：菩提本无树，明净亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。
六祖慧能曾因此偈而得到五祖弘忍的垂爱，但五祖弘忍又怕其遭到妒忌而被人加害所以就就用鞋子将此偈擦去。五祖去柴房问道：“米熟了吗？”慧能说“早熟了，就差人盛出来了。”六祖慧能又通过这句话抓住了禅机，五祖弘忍便用杖击碓了他后脑三下而离去，慧能马上领会了其中的意思。在三更的时候，从后门去找五祖弘忍，得授五祖讲解《金刚经》。
后慧能被五祖赶走，孙悟空艺成后也被菩提祖师赶走，其原因都是他们的师傅怕他们遭人妒忌而被加害。
孙悟空学艺的故事正是取材于六祖慧能的经历。
六祖慧能参透禅机而得佛法，孙悟空悟出哑谜而得长生之道，可见天资还是很重要。菩提祖师为什么只教孙悟空长生之法，皆因其他弟子没这个天赋，他们看到菩提祖师敲了孙悟空脑袋还以为菩提祖师真的生气，这样的资质相信就算菩提祖师教他们长生不老之术他们也学不会吧！