山东大学的问题由来已久，并不是今天才出现。山大在历史上是有辉煌的过去的，作为全国第一所在地方建立的高等学堂，这所由袁世凯主政山东时创办的山东大学堂在全国历史之悠久，仅次于北京大学，甚至还有研究者称，山东大学的历史最早可以追溯到建于1964年的登州文会馆，距今已经有150多年的历史。
经过长期的发展，在华岗担任校长的时候，山东大学迎来了自己的巅峰时期，号称以文史见长，发展生物，面向海洋。文学有冯沅君、陆侃如、萧涤非，史学有八大教授，生物有童第周，物理有王普，海洋学科孕育出今天的中国海洋大学，这些学科可以说是全国一流。山东大学的《文史哲》号称“文科学报之王”，在上个世纪五六十年代，可以说是风头一时无两。
但是转折就在高校合并的时候，高校合并有成功的例子，比如浙江大学合并了杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学，比如华中科技大学合并同济医科大学，比如武汉大学合并了武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学等，但也有失败的例子。那就是四川大学、山东大学和吉林大学，这三家号称中国本科规模最大的高校，据说现在还增加了郑州大学，大而不强，山东合并的山东工业大学和山东医科大学都很强，但是合并之后没有特色专业了，文史衰落，拿得出手的只有数学、材料、考古等专业。
最关键的是山东大学承袭了山东省的官僚作风，近亲繁殖严重，最典型的就是从海外引进的陈哲宇案，可以说寒了广大科研人员的心，极大败坏了山东大学的社会声誉。还有就是济南市作为经济强省山东省的省会，不管是在省内还是在全国的省会中，地位十分尴尬，这也限制了山东大学进一步的发展。