一部《史记》倾注了司马迁多少的心酸泪，为了完成父辈的嘱托，他奋笔疾书，记录历史，为了能使这部鸿篇巨著顺利完稿，他不惜忍受被宫刑（腐刑）的屈辱，可以说司马迁在史学上的成就和造诣足以让他成为西汉乃至中国历史上最伟大的史学家之一，然而自从他写完《史记》后就此销声匿迹，再无一点信息，至此人们对于他的死因就产生了种种的推测。
从司马迁有限的记录中可以看出，他所经历的重大事件中的几个关键人物有汉武帝、李陵、任丘等，他所遭受的宫刑也与李陵事件有关。公元前99年，李广利率领三万骑兵大举出击匈奴，飞将军李广之孙李陵主动请缨参战，汉武帝以以骑兵不足予以拒绝，李陵却毫不介意，主动请5000步兵随同出征，这让汉武帝看到了当年李广的风范，认为他年轻有为，有霸气，自然就对李陵产生了极大的欣赏和期望。
李陵所率领的5000步卒几乎把匈奴掀翻了天，打得匈奴人东躲西藏，后来碰到了匈奴的八万骑兵，李陵毫不畏惧，奋勇作战给予了匈奴沉重的打击，但是最终寡不敌众，在弹尽粮绝的情况下投降了匈奴。
汉武帝本来对李陵抱有极大的期望值，寄予厚望，现在他居然投降了，这让汉武帝产生了巨大的心里落差，如此器重的人竟然就投降了，他实在是难以接受，这简直是在打听到脸。满朝大臣都认为李陵应该战死沙场，而不是变节投降，他们纷纷谴责、污蔑李陵，对他落井下石，还提议将他的家人全部杀掉。
汉武帝又问司马迁对此事有什么看法，司马迁只是一个太史令，这个职务在当时是负责“掌天时星历”的官，而政治、军事、外交这类国家大事跟司马迁的职责没有什么关系，面对汉武帝的询问，司马迁最合适的做法就是随声附和，人云亦云，明哲保身。
然而在这种情况下，司马迁居然公开和汉武帝唱起了反调，他认为李陵投降事出有因，迫不得已，应该等他回来继续服务朝廷，司马迁仅仅是为李陵辩解了几句就激怒了正在气头上的汉武帝，这无异于火上浇油，可以说是撞在枪口上，汉武帝不容他多辩解就直接将他投进了大牢。
后来汉武帝又得知李陵在匈奴帮助训练匈奴士兵来对付汉朝，一怒之下，草率地灭了李陵的三族，其实这都是公孙敖闹的个大乌龙，汉朝投降匈奴的另一个降将李绪，是他在训练匈奴士兵，而公孙敖阴错阳差认为是李陵，误导了汉武帝，李陵后来设计杀死了李绪，汉武帝杀了李陵的全家，使得李陵万分的心寒，自此打消了回来的念头。司马迁因李陵之祸被判处的是死刑，而非宫刑，因为在汉文帝的时候就已经逐渐的废除了肉刑，在汉武帝时期被判处死刑后，有两种方法可以减刑，第一是拿50万钱出来就可以免死；其二如果不想死可以用腐刑（即宫刑）来替代。司马迁一个小小的太史令，怎么拿得出来50万钱赎命，如果伏法受诛则不能完成历代先人交代的史记，往来的朋友在这个敏感的时期个个都明哲保身，躲得远远的，司马迁无奈只有自己申请腐刑，才能够苟延残喘完成父辈的嘱托。
被判处宫刑后，司马迁继续编纂史记，为了完成使命自己忍受世人的鄙夷，所需要的不是一般人的勇气，他也确实够冤的冤到了极点。
司马迁人生中的另一个人物是任丘，他们是好朋友，这个任丘受“巫蛊之祸”的牵连，将要被处斩，求生的欲望使得他向司马迁写信求助，希望他能够在汉武帝面前求个情。司马迁也是有心无力啊，上次李陵事件还没怎么说话就被阉了，现在有......？司马迁并不是怕死，关键是他帮不上忙，何况“巫蛊之祸”连太子、皇后都死了，你一个任丘活得了吗？
无奈司马迁只得给任丘回信，教室那封有名的《报任丘书》，他说明自己帮不上忙，他的这封信写得很长，说自己受到腐刑所遭受的屈辱，满篇都是抱怨汉武帝，直言贬损，表达了他的愤懑之情。这篇《报任丘书》对于我们来说其他的都不重要，其中的一句至理名言对我们受益颇多，那就是“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛”，这也是司马迁对于人生的经典评价。
至于司马迁的死因，历史上有多种猜测，其一是自杀，，司马迁因受宫刑，以坚强的毅力于公元前91年完成了《史记》的全部编纂工作，完成了使命，他觉得再活着也没有什么意思了，就自杀而亡了。其二是受《报任丘书》的牵连再度入狱，被汉武帝处死。
第三种说法是寿终正寝。
本人比较相信司马迁是寿终正寝自然死亡的，司马迁在编纂完《史记》后，因为身体的缺陷而遭到了别人异样的眼光，他难以承受，于是选择幽静的地方隐居起来，从此与外界断绝往来，直至老死。其实司马迁的死因不是太大的问题，古人记载历史的时候，除非是被杀，自然死亡一般是不怎么写死因的，从司马迁的著录来看，他至少活了48岁，这个年纪在汉代已经够长寿的了，而且他还受过宫刑，所以他应该是自然死亡的。
如果司马迁是被汉武帝处死的，作为另外一个伟大的历史学家班固在《汉书.司马迁传》中是不会不记载的，至于死于“巫蛊之祸”或者“下狱死”等等说法都是猜测，不足为信。
司马迁在监狱被阉后，本来身体就不好，最后又呕心沥血写完史记，病逝于隐居的地方，这些在一些历史轶事上可以查到，其实不管是怎样死的，都不重要，对于历史长河来说，司马迁也只是一朵浪花而已，只是比千年后的我们也许大那么一点而已，历史上受极刑而死的有许多，但是历史也不一定是真实的，因为有许多真相都被湮没了，别说什么历史学家，那些也只是他们的猜测而已。