对于蔡元培“晚节不保”的议论，最直接的材料，当来自周作人。1933年，他给朋友写信，“观蔡公近数年言行，深感所谓晚节之不易保守”，语气看似平和，内里实是厚重的惋惜与不屑。
晚年在港宣传抗日的蔡元培
周二先生与蔡公，渊源很深。他们是绍兴同乡，周作人一个相当于日本杂牌大专肄业的“野路子”，日后能当上北大教授，也是蔡元培大力提携的结果，两人交往20年也素无芥蒂，关系非同恒泛。可一日月旦评起来，突然把调子抬到这么高，都成了“晚节不保”了，责备之意是非常重的。
实际上，早在此前几年，鲁迅就对蔡元培有过更“不堪”的非议。他们两位，明明从1911年起，都是同一战壕的队友，蔡元培更是挟其地位，对鲁迅各种掩护和帮衬，而鲁迅背后说什么呢？还是在给一位熟人的书信中，他如此嘲讽道，“我和此公,气味不投者也”。“此公”就是蔡元培，把所有交情都撇得一干二净，就差寄上一封绝交书了。
1945年的周作人
周氏兄弟，都是正人君子，从来都不屑于暗箭伤人，何况还是对他们有深恩之人；而蔡元培，更是近代以来中国知识分子的道德表率，何以会唇枪舌剑“内讧”起来？这里的关键点，就在于1930年前后，素来“名重士林”的蔡元培，有些言行确实有悖他的形象与“人设”，以至于身边这些知友都无法理解了。
关于蔡元培的晚年，其所作所为所言所写，因为研究者立场的不同，以及现存史料的阙失，到底该如何评判，确实比较模糊。我手头的《蔡元培年谱》，高平叔编著中华书局印制，是最权威的版本了，可翻1927——1931年间整整4年的记载，只有寥寥7页，重大问题甚至直接忽略。
但不管怎么样，涉及蔡公“晚年不保”的几个“罪状”，检其人言啧啧处，大体就这么几条：1，1927年，以监委资格带头积极参与臭名昭著的“清除运动”，狂热十分老友陈独秀的长子陈延年，也在其指令下悲惨地身首异处，得意弟子柳亚子也上了黑名单，所谓“先生一支勾魂笔，胜过十万毛瑟枪”，可见当日的残酷与非理性；
2，当年他兼任青年部长，本应该给进步青年更多庇护，不料却主动提议取消年轻人的各种活动，包括学生会组织，此举颇招物议，报上批为“自毁清誉”；3，他在退出北大校长职务，主持大学院工作期间，声名狼藉的国民党“党化教育”就是由他首开先河的，被外界认为放弃了早年理想；最后一点，就是认为他晚年左右摇摆，被不良分子各种利用，过去引领时代新风潮的一代精神领袖，沦为了权贵们的附庸。
这些议论，尤其是他“晚节不保”的讽议，其实从1920年代起，就盛行于人口，可谓由来已久。这些人认为，蔡公的这些言行，相对于新文化运动及五四时期的“开明”、“先锋”、“保护神”形象，确实反差甚大，可以说走向了他自己的对立面，“反转”到面目全非，让人错愕莫名。
尽管，蔡公在政学两界负重望30多年，绝少有人痛骂他，大家有的只是惋惜与不解。
但现在看来，在这些事情上，深度参与的蔡元培，虽然说有个别瑕玷确实无法完全脱离干系，但更主要的是多数非议着实属于误判。在“蔡元培晚节不保”这个问题上，“吃瓜群众”常见的歪曲事实、选择证据、臆测妄论等毛病，也是应有尽有的。
譬如，所谓“清党问题”，他实际上是“被署名”。这个疑点，早在1930年前后香江《平民日报》连载的《辽海梦回室笔记》中，已经说得很明白，蔡元培自己看后才剪报收藏，并做了批语，对此“代为辩诬”态度是首肯的。更为重要的材料，就来自上述高平叔《蔡元培年谱》所载的一些“秘幸”。
里面明确说清了原委：蔡之所以署名，是吴稚晖利用的结果，而且蔡公本意，是希望给这些爱国青年“予以缓冲”时机，并一再呼吁“看管”就好，不能让“有兵权者随意加以诛戮囚辱也”。其后，当沪上“大杀青年”之际，他“激烈与争，诚不愧书生本色矣”。诸如种种材料，可以充分证明，1927年这起人所不齿的清算运动，他的态度就是不愿合作的，对进步青年是同情乃至尽力保护的。他的唯一问题，在于毫无实权，抗议也几乎没有任何效果。后来，社会上依据“署名”，对他误解甚深，他也从来不曾为自己辩护一两声，只是看到有知内情的文章刊出，默默剪下来保存在日记本中而已。
常州人吴稚晖
至于说“提出取消青年运动提案”的非议，这里面既有非事实的因素，也有他教育理念不被理解的层面。前者，作为彼时“大学院院长”的他，提出这个议案其实并不完全代表他本人意思，这是一次公务履行而已——可查1928年8月5日《时事新报》上，其助手杨杏佛就已经澄清谣言，明白说“并非蔡先生个人之提议，乃大学委员会及全国教育会议所提未决之案”而已。但这里面是否有蔡本人的意思呢，鄙意也是有的，无须讳言。因为，作为教育界的蔡元培，从来都主张若非关系到国家存亡，学生不能牺牲学业去搞各种活动，即便是出发点是爱国与进步的。
最后两点，其实大体也可与第二项辩护理由等同，即这些声明虽然出诸其口或有署名为证，但都是“集体行为”，他无非作为“领导”照本宣科而已。作为官员的蔡元培，一些言行，并不能完全与他的真实意见划等号。这一点，是特别微妙，又极易引发误解的地方。当日，鲁迅、周树人都对他深致不满，其实就是没有很好地理清这个关键点。
蔡元培后人
总之，沽名钓誉不是蔡元培，灼灼力辩也不是蔡元培生平行事风格，而“人不知而不愠”的其实才是蔡公本色。现如今很多人对他的攻击，是过甚其辞的，也是断然成立的，需要为他说几句公道话。他或许不是“完人”，但确实顶天立地，不该承受这些莫须有的污水。他一生光明磊落，于国家民族居功至伟，所谓“誉满天下谤满天下”都是一种无端羞辱。
流散在外的墓地
有人说蔡元培复杂，照我看法，他其实是“被复杂”了。这正是史家所感慨的“知人论世之难”。但我也很乐观。我想，如果有一天，在网络的舆论场上，大家都能就事论事了，也许我们就能自然而然地，理解到一个“真实的蔡元培”了。