马祖境天后宫，位于连江县南竿乡马祖村，是岛上妈祖的信仰中心，信仰者众，香火鼎盛。 南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。妈祖生前为善人间，又得地灵之利，于 9月初9在此羽化升天。明朝时，妈祖受封为天妃，清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称，因此供奉妈袓的庙，便命名为天后宫。
早年庙貌陈旧，民国32年和平救国军司令张逸舟曾督饬重建，后又经多次整修，现为宫殿式建筑，整体庄严，并且结合两岸三地工匠共同完成，雕梁画栋、精致堂皇。本庙曾举办全县无数场大型信仰文化活动，并经常与两岸三地各天后宫往来会香，是马祖香火最旺的庙宇。
每年妈祖农历生日时，都会举办盛大的庆祝及绕境活动，当晚灯火通明，鞭炮声不绝于耳，庙会气氛浓厚。
2009年3月，马祖籍画家及登山家李小石，带着妈祖金身爬上喜马拉雅山，让祂成为第一尊登上圣母峰的神明。该金身现在正供奉在马祖境天后宫，供信众参拜。
若为轮椅朋友，须将车辆开至中间平台上下车，天后宫殿入口处有阶梯，仅能在殿外参拜。
开放时间
周一至周日06:00~22:00
交通资讯 （交通资讯常有变动，出发前请先向各交通场站确认。） 大众运输： 1.搭飞机至南竿站下-转搭南竿公车-山线(往马港)至马港站下，详细班次请参照南竿地区班车时刻表。 2.搭船至南竿福澳港下-转搭南竿公车-海线(往马港)至马港站下，详细班次请参照南竿地区班车时刻表。
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