我国的事业单位有三种类型，即全额拨款事业单位、差额拨款事业单位、自收自支事业单位。在这次的事业单位改革中，前面两种要改成公益一类、二类事业单位，自收自支事业单位要转制成企业单位。
全额拨款事业单位也称全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位。单位所需的事业经费，包括人员工资、奖金、办公经费等等一切正常费用全部列入财政预算，由财政局全额预算拨款。全额拨款事业单位一般适用于没有收入的公益一类事业单位，是单纯地履行政府职能部门，如公立医院、中小学、科研单位、卫生防疫、图书馆等。
差额拨款事业单位，财政部门按差额比例，对单位人员构成中固定部分60%左右拨款，自己创收解决40%左右。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法。这种单位一般都是有公共服务职能的公益二类事业单位，可以通过服务收取一定的费用。如气象、环境监测站、报社、公证处等。
要说两者有什么区别，总体来说全额拨款事业单位和差额拨款事业单位都是政府的职能部门。所不同的是:
一、在工资福利待遇上，全额拨款事业单位的工资、福利、办公费用全部由财政兜底，旱涝保收。而差额拨款事业单位釆取的是经费包干、收支挂钩.、以收抵制的管理形式。如果经营不好工资福利可能比全额拨款事业单位要差一些，但如果经营得好工资福利比全额拨款的要更多更好。
二、在发展前景上，全额拨款事业单位因为承担了部部执法职能，在事业单位改革中有些人可能会变成参公管理单位或人员，可以享受公务员待遇。而差额拨款事业单位因为承担的是纯服务职能，基本上没有变成参公的可能。
