据史料记载，早在高丽贞祐十年（1223年），倭寇就开始侵犯高丽金州 。为此，高丽专门派遣朴寅携带牒文前往日本进行交涉。
14世纪中期，由于控制日本政治的镰仓幕府于南朝元弘三年，北朝正庆二年（1333年）灭亡，在京都和吉野分别出现有不同武士集团所拥立的天皇，日本进入南北朝时期（1336-1392年），相互之间不断进行军事对抗，一些在战争中失败的武士，基于贫困而加入海盗队伍。他们在支持南朝而居于下风的松浦家支持下，不断对朝鲜半岛和中国沿海地区进行海盗活动，肆意抢劫财物、绑架人口，甚至杀戮生命，使得高丽的倭寇之患首先加剧 。据学者统计，从高丽至正十年（1350年）至至正二十六年（1366年）间，高丽连年都会发生倭寇入侵事件。入侵的倭船少者50余艘，多者则达200余艘。倭寇每到高丽一地，则庐舍尽焚。而漕船也成为倭寇掳掠的主要目标 ，迫使高丽王朝最后改漕运为陆运。
面对着倭寇的频繁入侵，高丽开始向明朝寻求帮助 。高丽洪武七年（1374年），王颛被杀，王禑成为国王，高丽对外政策从明朝转向北元，对日外交手段解决倭寇问题 。日本与高丽开始就打击倭盗进行一定的军事合作，并主动送还被倭寇掳掠的高丽人口。
倭寇对于中国沿海地区的侵扰，在元末即已出现。至正二十三年（1363年）秋，倭人寇蓬州，守将刘暹击败之。至正十八年（1358年），倭寇开始连年侵扰中国沿海。在刘暹率军反击下，倭寇活动曾短暂停息数年。
在明朝建立的次年（1369年） 二月至六月间，即发生倭寇对山东、苏州、淮安等地大面积侵扰事件 ；洪武三年（1370年），又发生倭寇侵山东沿海，接着转掠浙江明、台、温诸州，又入福建沿海郡县抢掠的严重入侵事件。 为此，明太祖从洪武二年（1369年）借向日本通告元明鼎革之机，即就倭寇问题向日本展开外交交涉 。足利义满曾根据明朝的要求，出兵打击本国海盗 。明朝与日本室町幕府围绕倭寇问题，开始合作。足利义满也通过这种合作，获得了与明朝进行朝贡贸易的机会。其子足利义持成为 征夷大将军时中断了与明朝的合作，放任倭寇对中国的侵略活动，随着应永三十五年（1428年）足利义持的去世和足利义教成为新的征夷大将军，日本室町幕府又恢复了对明朝的朝贡政策，并在制止倭寇活动方面继续开展与明朝的政治合作。
倭寇的频繁骚扰，促使朱明王朝开始强化海上力量建设，在福建沿海四郡筑城一十六，增巡检司四十五，得卒万五千余人；又在浙东、浙西诸郡整饬海防，筑城五十九，分戍诸卫，使得海防大饬。
永乐朝的倭寇与元末以及洪武时期的倭寇相比，规模明显增加，来袭倭寇改变了游击式的袭扰方式 ，袭扰对象开始南移。元末明初，倭寇扰华主要发生在山东、辽东等北方沿海，而在永乐朝，倭寇袭扰地区较多出现在浙江等东南沿海。
明初，从洪武到永乐的57年间，倭患次数共为94次，年平均不到2次；永乐以后到嘉靖之前（1425～1522年）近百年间的倭患记录次数仅为17次；在嘉靖一朝的45年间，倭患次数猛增到628次，占明时期倭患次数的80%；进入隆庆后，又骤减为48次。
明成祖晚年，由于陆上北方威胁未除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易，嘉靖二年（1523年）爆发了争贡之役，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易 ，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（渔业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成嘉靖倭乱。
明朝政府为控制局面，嘉靖二十六年（1547年）任命朱纨浙 江巡抚兼福建军务提督前往镇压。朱纨采取了革渡船，严保甲等一系列措施，以佛郎机国人行劫 为由调动军队把双屿岛基地彻底捣毁 ，加强海禁，损害了沿海官僚地主及农民的利益，招到了他们的强烈反对，失去了朝廷的支持，导致统治阶级的剿倭立场发生松动和变化，此后以汪直为首的倭寇海盗集团趁机发展起来。
明政府先是与汪直合作，剿灭了陈思盼、卢七、沈九等以劫掠为主的海上武装势力。剿除大盗陈思盼后，在官府的默许下，汪直得到了一段时间的贸易自由 ，后新任巡视浙江都御使及参将俞大猷的到来，情况突变 导致倭患大爆发。嘉靖二十八年（1549年），明朝政府首次把汪直集团骚扰沿海地区称为倭人入寇。嘉靖三十一年（1552年），汪直由于向政府要求通商遭到拒绝 ，便劫掠浙东沿海。嘉靖三十二年（1552年），汪直大举入寇，连舰数百，蔽海而至，使滨海数千里，同时告警 。 [66] 胡宗宪巡按浙江后，又以互市为条件，对汪直进行招抚。汪直渡海受抚，但被下狱论死，汪直的死导致走私集团因缺乏约束倭患蔓延。
嘉靖四十年（1561年），戚继光率戚家军等在台州九战九捷，歼入寇台州之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。嘉靖四十四年（1565年），戚继光与俞大猷二军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇，东南沿海的倭寇最后荡平 。隆庆元年（1567年）明穆宗采纳福建巡抚涂泽民的建议，取消海禁，准许人民航海前往东洋、西洋贸易，大量白银源源不断地流入中国，刺激了沿海地区商品经济的发展。
史书所见的最后倭寇，在天启四年（1624年）7月侵犯福建沿海。由于丰臣秀吉发布八幡船禁止令（海盗行为禁止）的影响，倭寇的活动开始减少。
