新型农村合作医疗制度，实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
1、农民个人每年的缴费标准不应低10元，经济条件好的地区，可以相应提高缴费标准。乡镇企业职工(不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员)是否参加新型农村合作医疗，由县人民政府确定。
2、有条件的乡镇集体经济组织，应对本地新型农村合作医疗给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准，由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
3、地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助，不得低于人均10元，具体补助标准和分级负担比例，由省人民政府确定。经济发达的东部地区，地方各级财政可适当增加投入。从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付，对中西部地区除外的参加新型农村合作医疗的农民，按人均10元安排补助金。