橙留香,菠萝吹雪,陆小果三人自称果宝三剑客,在水果世界为了维护正义,路见不平拔刀相助,为了帮助村民们两肋插刀,受到了大家的崇拜,但是就在正教三周年庆典的时候,四大恶贼突然出现打败了他们,把正教改成了邪教,到处为祸苍生。
为了解救民众和振作正教,三剑客一路打败神兽升级机甲,在路上遇到了上官子怡等人,一同经历了一段热血搞笑的故事,一路上嬉笑怒骂,但也团结一心,再一次次苦战中一次次的成长,他们坚强努力,永不言弃。
在一路的苦战中,三人终于来到了四大恶贼的所在地,而在打败了四大恶贼后,真正的幕后黑手东方求败出现了,正如他的名字一样,东方求败是《果宝特攻四》中最强大的反派,为了打败东方求败,拯救水果世界,果宝三剑客义不容辞。