共三次。公元1690年，康熙二十九年，清朝大军分为三路。一路由裕亲王福全率领，从古北口出发，一路由恭亲王常宁率领，从喜峰口出发，自己则坐镇中军。不料才出征二天，康熙就得了感冒。随着病情加重，康熙只能在停留在博格和屯（今内蒙古正蓝旗南上都河东黑城子村）指挥作战。最后，清军在乌兰布通大败噶尔丹，康熙第一次亲征结束。
第二次亲征在康熙三十五年，即公元1696年康熙三十四年，噶尔丹又领兵南下。康熙再次决定御驾亲征，依旧是三路大军。一路由黑龙江将军萨布素率领，从东北出发迎击噶尔丹，一路由大将军费扬古率领，从宁夏出发向噶尔丹后方运动，阻其归路，自己依旧坐镇中军，从河北独石口出长城。三路大军约定在外蒙古克鲁伦河会师。
这一次，康熙的中军进展最为迅速，另外二路因为道路原因进军滞后，造成了中军突前。此时，有情报传来，称俄国已经出兵帮助噶尔丹，大军即将抵达。手下大臣建议康熙回师以免吃亏。
康熙不听，决定继续进军。很快，康熙就进军到了克鲁伦河畔，与噶尔丹隔河对峙。噶尔丹见清军军容严整，实力强大，暗忖没有必胜的实力，便连夜拔营西撤。等康熙渡过克鲁伦河，到达拖诺山附近时，噶尔丹已不见踪影。
萨布素、费扬古在康熙的命令下对噶尔丹实施了追击。噶尔丹且战且退，于五日后到达昭莫多。此时，噶尔丹人马折损大半，仅剩一万余人。还没等他站稳脚跟，费扬古就杀了过来。
费扬古将部分兵力置于山上，骑兵主力则隐藏于树林之中，另派出400绿营兵与噶尔丹接战。战斗打响之后，绿营兵且战且退，企图将噶尔丹主力引入预设阵地聚而歼之。噶尔丹虽然凶悍，但谋略方面的确差了点。他见绿营兵实力羸弱，一时间便杀得兴奋起来，不知不觉便进入了清军的埋伏圈。
噶尔丹率主力向清军阵地猛扑。清军依山防守，以拒马抵抗噶尔丹骑兵的冲击，同时山上火器、弓弩齐发。一时间，噶尔丹部死伤无数。
但噶尔丹骑兵实在强悍，依旧死战不退。费扬古看准时机，令骑兵向噶尔丹侧后方迂回攻击。在清军的前后夹击下，强弩之末的噶尔丹部终于大乱，噶尔丹仅带了几十名亲兵突出重围，败逃而去。康熙第二次亲征结束。
第三次亲征在康熙三十六年，即公元1697年经过二次大战，噶尔丹实力消耗殆尽。康熙遣使令其归降。噶尔丹不从，但此时他的地盘已经被其侄儿策妄阿布坦所占据，噶尔丹居无定所，窜至阿尔泰山东麓继续活动。为彻底消灭噶尔丹，在昭莫多大战的第二年，康熙第三次御驾亲征。康熙大军抵达宁夏时，便传来噶尔丹服毒自杀的消息。至此，第三次亲征结束。
纵观三次亲征，第一次清军最远达到了内蒙古的乌兰布通，而康熙本人是在内蒙古境内的博格和屯；第二次清军达到了外蒙古的昭莫多（现蒙古国乌兰巴托附近的宗德市），康熙本人在外蒙古的托诺山，与乌兰巴托相距不远；第三次，康熙大军抵达了宁夏。
从直线距离来看，康熙第二次亲征路途最为遥远，深入到了今天蒙古国境内的托诺山，在其首都乌兰巴托的东南方向。而康熙的三次亲征，也为后来清朝平定准噶尔汗打下重要基础。