闽南地区自古有械斗的传统。咸丰年间，漳州知府张集馨曾经上奏章表示，根据《漳州府志》记载，闽南械斗早在明朝永乐年间就已经十分兴盛。有清代汪志尹提供的说法是，闽南“漳、泉二府，宋时有“海滨邹鲁”之称”，也就是说，宋朝是，闽南械斗？不存在的，但自从“明季倭寇内犯”后，闽南地区开始练乡兵以抵御倭寇，当地逐渐开始弃文从武，逐渐形成传统。到了崇祯一朝，因为各种因素，漳州府一带的的乡民武装归附郑成功，于南明永历四年前往台湾（创立了天地会），他们有些人“万”、“包”、“齐”等预示着胜利的词汇为姓氏，开始了对台湾的开拓建设。
泉漳械斗的起因，最初主要是因为跟随郑成功来到台湾的，大多是闽南的泉州人；后来施琅带兵攻打台湾后，跟随施琅的部下大都是漳州人，根据《东瀛纪事》记载，“海口多泉、内山多漳”。既然都是“外来人口”，在经营自己地盘的过程中，必然会产生大量冲突。最初，在康熙、雍正两朝，冲突表现的并不明显，直到乾隆四十七年（1782年），北台湾发生械斗，当时“祸连两县，蔓延三月有余”，方才引起乾隆皇帝的重视。
而对于械斗的原因，最初都为各种生存资料而来的。逐渐兴盛的村落会使得村里需要的生产、生活资料以几何数量增加，比如嘉庆十四年发生的漳泉械斗，就是因“泉民抢割漳州庄民稻谷”而起，一场械斗就是大半年的时间。而乾隆四十七年的械斗，也是从“争田有隙”开始的。
这种对生产资料的争夺并没什么“公理”可言，亦无可指摘。很多人认为，泉漳械斗之所以发生的根本原因在于泉州人和漳州人所属的宗族并不相同导致的。但问题在于，宗族是一个“家族”式的概念，各个大姓之间所属的“宗族”并不相同，换句话说，即便是漳州人内部也有多个宗族，彼此之间的利益也并不相同。因此，如果仅以宗族关系说泉漳械斗，其实并不是准确。
事实上，尽管泉漳械斗经常是“七年一小斗，十年一大斗”，但其实，参与械斗的泉州人和漳州人，都是闽南人，彼此之间也并不会觉得双方是“生死之敌”。这也是中国古代械斗的特点，尽管看起来是泉州人和漳州人之间的矛盾，而且一打就是大半年一年，期间双方有什么武装就用什么武装（比如1948年三江龙泉，双方动用轻重机枪200多挺，大炮10多门），造成了大量惨案。但就参与械斗的双方而言，尽管大家可能会为了土地、水源、粮食、森林……大打出手，但双方仍有共识：
械斗属于“家事”，朝廷不该管。
在这种逻辑的支配下，最初清朝廷也是有点懵圈。首先是因为械斗发生之初，朝廷并不能准确判断到底矛盾双方是因为“械斗”，还是要“农民起义”了。于是第一反应一定是：武力镇压。但等镇压完成后发现其实是“泉漳械斗”，那就只能通过文化上进行教化……但宗族之间也的确没人搭理朝廷；在各方长期博弈下，清朝廷也逐渐找到了应对方法：“教化为主，擒贼擒王，从犯不论”，渐渐的，械斗发生的也就少多了。
那么问题来了：泉漳械斗，到底谁赢了呢？
其实也没什么赢家。由于在相当的时间里，清朝廷对台湾的治理成效并不显著，所以除了泉漳械斗的闽南内部械斗外，还有闽粤械斗（福建人广东人的爱恨）、“汉番械斗”，总之大家为了争夺生产资源，采取各种方法也都无可厚非。到了晚清，外敌入侵，大家枪口一致对外，也就部分漳州人还是泉州人了，大家都是中国人。而今天我们说的台湾“宗族势力”，其实是1895年日本殖民台湾之后开始形成的，而泉漳械斗则作为清朝的一个“独特”的文化现象，最终留在了历史的长河当中