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非优惠性关税配额是指对关税配额内进口的商品征收原来正常的进口税，一般按最惠国税率征收；对超过关税配额的部分征收较高的进口附加税或罚款。例如，1974年12月澳大利亚曾规定对除男衬衫、睡衣以外的各种服装，凡是超过配额的部分加征175％的进口附加税。
按征收关税的目的，关税配额可分为优惠性关税配额和非优惠性关税配额。前者是对关税配额内进口的商品给予较大幅度的关税减让，甚至免税，而对超过配额的进口商品即征收原来的最惠国税率。如西欧共同市场在普遍优惠制中所采取的关税配额就属于这一类。后者是在关税配额内仍征收原来的进口税，但对超过配额的进口商品，则征收极高的附加税或罚款。