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部门间流程是指在一个企业内跨越两个或两个以上职能部门的流程，即流程的系列活动是由不同职能部门的人来共同完成的。部门间流程的活动是不同的，但却是相关的，活动之间有着内在的联系，有些活动之间乍看起来是不相干的，但通过某些其他活动的媒介，这些活动间也发生了远程联系，通过这些不同部门的相关活动的共同作用产生了特定的结果，从而构成某一工作完成的特定流程。
部门间流程打破了部门间的壁垒，但它仍然是在企业系统内部运作，并没有与外部环境发生联系，若流程与外界发生联系，则就成为组织间流程。[2]
如在订单处理流程中，接收订单、输人计算机、检查顾客的信用是销售部门的流程；查找仓库产品目标、在仓库配货、包装、送上卡车、将商品送到顾客指定的地点并交付商品是物流配送部门的流程；服务跟踪是售后服务部门的流程。由销售部、物流配送部和售后服务部共同完成的订单流程属于部门间流程。[3]