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商品运输的最优化不仅仅需要合理调整商品的运量，而且还要求尽力使成本低廉化。所以合理控制运输费用也是使商品运输最优化的一个重要因素。
商品运输费用是商业企业为实现商品运输而支付的有关费用，包括将商品从发送地送至目的地所支付的全部费用，是商品流通费用的重要组成部分，一般要占到30％左右。另一方面，运输费用的多寡也可以作为考核商品是否合理运输的一个指标，从而为建立与健全商业储运网络，合理选择运输方式提供可靠的依据。
如果作为企业属下的运输部门来进行运输活动，那么商品运输费用需要包括实际运费、运输中的各项杂费、从事商品运输工作的人员费用、从事运输工作的物资消耗费用以及其它必要的管理费用等。这种核算方法也是实行独立核算的专业化运输企业通常使用的方法。
如果是由企业外的运输部门进行商品的运输工作，那么商品运输费用则主要由商品运费和商品运输杂费组成。
商品的运费是商品运输费用的主要构成部分，要对商品的运费进行核算，首先需要了解商品运输的里程、商品的运价率和商品计费重量等条件与资料。其一般的核算程序如下：
1、确定商品运价里程。
2、确定商品适用的运价率。
3、确定商品计费重量。
按下列公式进行商品运费的计算：
铁路、水路和航空运费＝商品计费重量×适用商品运价率
[[公路运费]]＝商品计费重量×商品运价里程×适用商品运价率
其中商品运价里程是指发送地与目的地间的最短路径里程。
商品运输杂费是指付费方向收费方交付用以补偿商品运输过程中的辅助性或服务性的劳动消耗的费用。其项目比较复杂，通常包括装卸费、港务费、储存费、中转服务费等。而且在各个地区适用的费率有可能不同，所以商品运输杂费的计算公式如下：
商品运输杂费＝计费重量×适用地区的适用费率
在进行杂费的计算时，也需要考虑到运输方式不同所造成的适用费率的区别，这样才能做到杂费计算的合理、准确。
在实际的运费计算中，我们还会碰到许多问题。诸如在联运情况下如何采用适当运价率和运价里程等。而且我国的流通行业正在进行着迅速的变更，因此各种制度，计算方法都会随之变化，并进一步趋于完善。