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资源合理配置是指了达到一定的生态经济目标，根据生态经济系统结构，利用科学技术管理手段，对自然资源系统进行改造、设计、组合、布局的活动。它是确立区域发展方向、合理布置生产要素的关键，也是解决经济系统增长的无限性与资源生态系统供给的有限性矛盾的重要措施。
资源的配置主要涉及两个方面，一是资源在空间或不同部门间的最优配置；二是资源的时间配置，根据资源在不同时段上的最优分布特征，实现资源开发利用最佳时段的控制与决策。
资源合理配置的基本任务是，在生态经济系统平衡的前提下，在时间和空间上最优地利用和分配自然资源，合理布局生产力，以达到经济的持续发展和资源的永续利用，取得最佳生态经济效益和社会效益的目的。