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课题式审计，顾名思义，就是用做课题的理念、方式方法和组织形式来组织实施审计项目的一种新型审计模式。“课题式”审计以课题为总揽、集聚各类要素资源、统筹协调推进各项工作、审研无缝融合、注重深度研发，可以较好的克服传统审计模式资源分散、审研分离、各自为战、研发不足的弊端和缺陷，实现审计的规模效应、实现审计的集约式发展，是提高审计工作水平、提升审计成果质量、推动审计事业科学发展的有效路径和方式。
组织实施好“课题式”审计应做好四个方面的工作：
一是集思广益，科学立题。审计部门要立足经济社会发展大局，围绕党委政府中心工作，深入实际，广泛调研，同时与相关领导和部门单位沟通协调，向相关专家学者请教咨询，向广大社会和民众征求意见，集思广益，认真研究，将党委政府关心、社会群众关注、事关发展全局、事关发展后患、事关百姓福祉的热点焦点问题，作为审计的研究课题。课题立项，不贪多，不求全，量力而行，选准几项重大课题，集中力量，重点主攻，做一项成一项，确保取得实效。
二是整合资源，合理分工。根据课题需要，打破单位部门界限，整合区域内高等院校、科研院所、审计系统、相关单位的有生资源，成立综合型课题组。课题组可下设审计小组（根据项目多寡设立多个审计小组）、学术小组、技术小组、保障小组等机构。实施审计时，以审计小组为主体，其它小组协同工作；后续研发时，以学术小组为主体，其它小组协同工作。在课题组织、工作安排上全盘考虑个人兴趣专长，科学布置工作任务，加强对审计研究资源（包括人力、物力、财力、技术、信息等资源）、内容、形式的整合，构建多资源集聚、多专业组合、多形式结合的课题组织形式，形成资源密集、分工合理、专长互补、协同并进的审计研究新模式，实现审计的规模效应和集约式发展。
三是边审边研，审研结合。课题组成员依据课题计划内容及小组具体工作方案，各司其职，各尽所长，带着目标任务、带着研究问题、带着科研思维投入工作。预先学习储备相关理论政策知识，预先研究确定好相关审计研究方式方法和技术手段，按照计划、按照分工，搜集相关资料、数据和信息，开展审计和研究。在审计过程中，按照课题要求展开相关研究，注重揭示风险问题、分析原因缘由、查找症状症结；在研究过程中，充分利用研究结果结论完善课题方案内容、指导审计工作科学深入开展。实现在审计中研究，在研究中审计，边审边研，审研互促，达到审计与研究无缝融合、共同进步的“双赢”目的。
四是深度研发，打造精品。审计结束后，课题组依靠专家学者、实务行家、审计强手、文字高手、计算机能手等综合力量，以学术小组为主体，其它小组配合，对审计发现的问题矛盾、揭示的风险隐患、形成的判断结论，结合审计搜集的相关资料数据，借鉴相关政策理论和国内外有益经验做法，再度进行后续研究、深度开发，注重探本求源、注重思大政谋大局，着力从宏观和战略的高度、从体制机制等深层面提升审计成果质量、打造审计精品。课题成果要注重转化成能化解风险矛盾、能解决实际问题的对策建议，对策建议要有整体性思路、系统性措施和操作性方法，能帮助党委政府完善出台相关政策和管理办法，能帮助党委政府防范风险、深化改革、改进治理，能帮助党委政府理顺体制、健全机制、完善制度。