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证券清算款指因买卖证券、回购证券、申购新股、配售股票等业务而发生的，应与证券登记结算机构办理资金清算的款项。如果卖出证券成交总额大于买入证券成交总额为应收证券清算款。如果买入证券成交总额大于卖出证券成交总额为应付证券清算款。
一、本科目核算因买卖证券、回购证券、申购新股、配售股票等业务而发生的，应与证券登记结算机构办理资金清算的款项。
二、证券清算款的账务处理：
(一)通过证券交易所买卖证券，证券成交日应分别以下情况进行账务处理：
1、如果买入证券成交总额大于卖出证券成交总额，借记有关科目，贷记本科目和有关科目。
2、如果卖出证券成交总额大于买入证券成交总额，借记本科目和有关科目，贷记有关科目。
(二)通过证券交易所买卖证券，资金交收日应分别以下情况进行账务处理：
1、如果买入证券成交总额大于卖出证券成交总额，按资金交收日实际支付金额(买入证券与卖出证券成交总额的差额,加相关费用)，借记本科目，贷记"清算备付金"科目。
2、如果卖出证券成交总额大于买入证券成交总额，按资金交收日实际收到的金额(买入证券与卖出证券成交总额的差额,减相关费用)，借记"清算备付金"科目，贷记本科目。
三、本科目应按不同证券登记结算机构，如上海证券中央登记结算公司、深圳证券登记结算有限公司等设置明细账，进行明细核算。
四、本科目所属明细科目期末借方余额反映尚未收回的证券清算款，在资产负债表资产方的"应收证券清算款"项目反映；本科目所属明细科目贷方余额反映尚未支付的证券清算款，在资产负债表负债方的"应付证券清算款"项目反映。
【例如】某证券投资基金5月1日以10元的价格购入某上市公司流通股A股1000000股，成交金额10000000元，应支付券商佣金10000元，印花税等20000元，共计金额10030000元。应作如下会计处理：
1.成交日(T日，即5月1日)与证券登记结算机构清算应付证券款时，
借：股票投资10030000
贷：证券清算款10020000
应付佣金10000
2.资金交收日(T+1日，即5月2日)与证券登记结算机构交收资金时，
借：证券清算款10020000
贷：清算备付金1002000
接上例，该证券投资基金又于5月10日购买A股100万股，每股市价为12元，成交总额为1200万元，应支付券商佣金12000元，印花税等24000元，共计金额12036000元。应作如下会计处理：
1.成交日(T日，即5月10日)与证券登记结算机构清算应付证券款时，
借：股票投资12036000
贷：证券清算款12024000
应付佣金12000
2.资金交收日(T+1日，即5月11日)与证券登记结算机构交收资金时，
借：证券清算款12024000
贷：清算备付金12024000
(3)卖出股票成交日
借：证券清算款
贷：股票投资
应付佣金
贷或借：股票差价收入
(4)卖出股票资金交收日
借：清算备付金
贷：证券清算款