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股权投资差额是指长期股权投资的初始投资成本与应享有被投资单位所有者权益份额之间的差额，或者是以非现金资产对外投资时其账面成本或净值与投资协商确认价值之间的差额。
股权投资差额形成的主要原因是投资者在证券市场向第三方购买股权时，购买价格高于或低于按持股比例计算的应享有份额。这是投资过程投资双方共同自愿形成的结果。
股权投资差额是指采用权益法核算长期投资时，投资方投资成本与事有的受资方所有者权益份额的差额，可用因素分标法，将其分解为：
股权投资差额Ⅰ：按公允价值计量的受资方可辨认净资产中投资方所占份额与受资方可辨认净资产账面价值中投资方所占份额时差额。这部分差额表明，由于时间流逝、技术进步反物价变动等因素。受资方的可辨认净资产价值已经改变，而对这部分可辨认净资产双方采用了不同的计量基础，投资方按公允价值确认，面受资方按历史成本确认，因此产生了差额。
股权投资差额II：投资方投资成本与按公允价值计量的受资方可辨认净资产中投资方所占份额的差额。产生差额的原因是由于受资方有本人账的商誉，投资方愿意以高于受资方可辨认净资产公允价值的金额将其买进。可用公式表示如下：
股权投资差额=投资成本一受资方可辨认净资产账面价值中投资方所占份额=（投资成本一受资方可辨认净资产公允价值中投资方所占份额）＋（受资方可辨认净资产公允价值中投资方所占份额一受资方可辨认净资产账面价值中投资方所占份额）一股权投资差额I十股权投资差额II
会计实务中，长期股权投资的权益法下，把投资双方视为一个经济利益密切相关的整体，对投资时产生的股权投资差额采取的处理方法是：投资支付的价款高于应享有份额而产生的差额，应按其差额相应调减投资成本；投资支付的价款低于应享有份额而产生的差额，应按其差额相应调增投资成本。
使“投资成本”科目的数额等于按持股比例计算的应享有被投资单位所有者权益的份额。目的是使会计信息能真实地反映投资时投资成本与应享有份额的关系，也使投资者对自己投资所付价款的多少做到心中有数。如果投资时支付的价款大于应享有的份额，意味着该项投资将来应有较大的投资回报（投资收益）来弥补投资时多付价款的“损失”；如果投资时支付的价款小于应享有的份额，则意味着该项投资将来得到的投资回报较小，投资时少付的价款应作为一种收益分期计入投资收益。
股权投资差额、合并价差、合并商誉都与企业合并的会计处理有关，三者不仅在数值上有联系，并且所反映的经济实质也有相通之处。
（一）从数值上讲，三者的关系可以表示为如下两个等式：
1、股权投资差额II=合并价差II=合并商誉。三者都是购买方的购买成本与被购买方可辨认净资产公允价值中属于母公司股权份额之间的差额。 2、股权投资差额=合并价差I十合并价差II。二者都是母公司对子公司权益性资本投资数额与同一子公司所有者权益中属于母公司股权份额之间的差额。
（二）从反映的经济实质来看，股权投资差额II、合并价差II、合并商誉反映了相同的经济实质。购买方愿意以大于被购企业公允价值的金额实施购买行为，是因为预期被购企业存在的优越条件和无形资源在未来有可能使控股企业获取超额利润。为获得这些优越条件和无形资源的控制权所付出的代价，在权益性资本投资时确认为股权投资差额II，在合并报表时又确认为合并价差II，但其实质都是商誉。
实际上，从会计处理实务中可以发现三者的同源性：合并会计报表时，将母公司长期股权投资和子公司所有者权益中母公司所拥有的份额抵销，借记合并价差，贷记长期股权投资，长期股权投资中的股权投资差额。II也就转化为合并价差II；在国际会计准则中，这部分差额在母公司报表和合并报表中都确认为商誉。
无论从内涵上，从会计实务处理上，股权投资差额II、合并价差II和合并商誉只是对同一会计事项的不同表述。正确认识这一问题，有助于改进合并报表会计处理方法，更好地体现会计相关性、明晰性原则。
股权投资差额是指投资企业在采用权益法核算长期股权投资时，初始投资成本与有表决权资本应享有被投资单位所有者权益份额的差额。其计算公式为：
股权投资差额=初始投资成本－投资时被投资方所有者权益×投资持股比例
投资企业的初始投资成本大于应享有被投资单位所有者权益的份额，可能是由于被投资单位按公允价值计算的所有者权益高于账面价值或有未入账的商誉；反之，则可能是由于被投资单位的某些资产高估或存在负商誉。