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综合计算工时工作制是指单位以标准工作时间为基础，以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间的工时制度。
实行综合计算工时工作制的岗位，需企业报经当地区县劳动保障局批准，未经批准，不能任意扩大范围。
实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。员工在综合计算工时一个周期内只要总的实际工作时间没有超过法定总的工作时间的，其在公休日工作，不需支付200％加班工资。
《劳动法》第四十四条第（二）款“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200％的工资待遇”规定，一般只适用于实行标准工时制员工。
综合计算工时工作制是指因工作性质特殊或者受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度，如建筑、旅游等岗位。但其平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
实行综合计算工时工作制员工实行计件工资制，其超过综合计算周期的总的法定工作时间的部分，要按计件单价工资的150％支付工资报酬。
法定休假日安排职工工作的，按300％支付职工工资报酬.对于实行综合计算工时工作制员工，采取集中工作、集中休息、轮休调休等方式，以确保职工的身体健康和生产、工作任务完成。
按劳部发[1994]503号文件规定，可以实行综合计算工时工作制的职工也有三种：
（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；
（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；
（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工。企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。实行这一工时形式的企业，无论选用周、月为周期，还是以季、年为周期综合计算工作时间，但职工的平均周工作时间、月工作时间、季度工作时间、年工作时间应与法定标准工作时间相同，超过法定标准工作时间部分，应视为延长工作时间，应按规定支付职工延长工作时间的工资，即用人单位按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。如果用人单位是在法定节假日安排劳动者工作的，应按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。由此可见，经劳动保障行政部门批准实行综合计算工时制的劳动者，工作日正好是休息日的，属于正常工作；工作日正好是法定节假日的，则应按本人日工资标准的300%支付加班工资。综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为加班加点的时间，均按本人日或小时工资标准的150%支付加班加点工资。
（1）标准工时制度下的加班。10月1日、2日、3日安排加班的，公司应支付劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。10月4日、5 日、6日、7日安排加班的，公司可以选择调休，不支付加班工资；也可以选择支付劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。
（2）不定时工时制度下的加班待遇。10月1日、2日、3日安排加班的，公司应支付劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。10月4日、5日、6日、7日安排加班的，公司不用支付加班工资，也不用调休。
（3）综合计算工时制下的加班待遇。10月1日、2日、3日安排加班的，公司应支付劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。10月4 日、5日、6日、7日安排加班的，综合计算周期内的实际工作时间没有超过法定标准工作时间的部分，不支付加班工资也不调休；综合计算周期内的实际工作时间超过法定标准工作时间的部分，均按本人日或小时工资标准的150%支付加班加点工资。