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窗口公司是指内地省、自治区、直辖市人民政府或中央部门直接出资在港澳地区注册成立的、对本地区本部门或本行业驻港澳企业行使行政管理职能的经济实体。
最早的窗口企业是1979年开始办深圳经济特区，全国各地政府、各企事业单位的内资纷纷涌入深圳，创办各类企业。
1984年中英签署香港按期回归的联合公报后，在岗英资企业纷纷撤离香港。为了维持香港的繁荣和稳定，同时配合国内的改革开放，更好地利用香港在国际经济中的地位，中国政府开始允许内地的政府资本、资金进入香港办中资(国有)企业。1991年，《国务院办公厅转发国务院港澳办公室等部门关于驻港澳地区中资机构归口管理办法的通知》(国办发〔1991〕61号)，要求各省清理驻港中资公司，各指定一家为“窗口公司”。这是狭义的窗口企业，即内地省、自治区、直辖市人民政府或中央部门直接出资在港澳地区注册成立的、对本地区本部门或本行业驻港澳企业行使行政管理职能的经济实体。2000年底，香港的中资企业约2000家。
广义的政府窗口企业，是具有地方政府背景、部分拥有地方政府的偿债信用，为地方政府经济发展服务的公司企业。例如，各省的国际信托投资公司。1998年，广东省人民政府的窗口公司——广东国际信托投资公司破产，总负债达388亿元，历时多年的清盘最终偿债比例仅为百分之十几。
大型企业集团的窗口企业，一般是设在一线城市或海南的从事贸易的子公司。如中国航空工业集团的窗口企业是中航技，主要负责飞机及零部件的进出口业务，一般称作工、贸、技一体的综合性公司。中国兵器工业集团公司的窗口企业是北方工业公司，这是从事军品贸易的进出口公司。另一家窗口企业是北京北方车辆公司，“兵器工业对外展示综合实力的窗口”。
2003年11月1日，《国务院办公厅转发商务部等部门关于改革内地驻港澳地区“窗口公司”管理模式意见的通知》国办发〔2003〕90号 ，取消 “窗口公司 ”称谓。今后，内地政府及部门不得直接出资到港澳地区设立中资企业。各地方政府与原“窗口公司”脱钩。对其中可继续经营的，应为其构筑内地投资母体，实施现代公司治理；对无法继续经营的，予以撤销。原“窗口公司”不再代表各省、自治区、直辖市人民政府对本地在港澳地区兴办的企业行使行政管理和监督检查的职能。相应职能应依产权关系，由这些驻港澳中资企业的内地投资母体承担。中央人民政府驻香港、澳门联络办根据对驻港澳中资企业在政治上领导、政策上指导、监管上协助。