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环境行政复议管辖是指同系统内上、下级之间，以及同级之间受理行政复议案件的分工和权限。
所谓“同系统”的环境行政机关是指根据《环境保护法》第7条关于环境管理体制所划分的各种环境行政机关，例如人民政府环境行政主管部门的省级环境保护局与市、县级环境保护局，均属“同系统”的环境行政主管理部门。
对环境行政复议机关来说，复议管辖是指某一行政争议案件由哪一个复议机关行使复议权；对管理人来说，则意味着对某具体环境行政行为不服，可向哪一个复议机关申请复议。
根据环境行政复议管辖的特点，可将复议管辖分为一般管辖和特殊管辖两大类。
指环境行政复议案件一般由上一级行政机关管辖，这是根据《行政复议法》第12条、第13条第1款、第14条的规定得出的结论。一般管辖的具体内容包括：
(1)对县级以上地方人民政府环境行政机关的具体行政行为不服的复议申请，由本级人民政府或上一级环境行政机关管辖。
(2)对地方各级人民政府的具体环境行政行为不服的复议申请，由上一级人民政府管辖。
(3)对国务院环境行政机关或者省级人民政府的具体环境行政行为不服的复议申请，由作出该具体行为的国务院环境行政机关或者省级人民政府管辖。
(4)对国务院环境行政机关或者省级人民政府所作出的环境行政复议决定不服的终局裁决申请，由国务院管辖。
指因作出具体环境行政行为的行政机关的特殊性，《行政复议法》对复议机关作出特别规定的管辖。《行政复议法》第13条第2款、第15条规定了以下6种特殊管辖：
(1)对省级人民政府依法设立的派出机关所属的县级地方人民政府的具体环境行政行为不服的复议申请，由该派出机关管辖。
(2)对县级以上地方人民政府依法设立的派出机关的具体环境行政行为不服的，向设立派出机关的人民政府管辖。
(3)对政府环境行政机关依法设立的派出机构依照法律、法规或者规章规定，以自己的名义作出的具体环境行政行为不服的，由设立该派出机构的环境行政机关或者该机关的本级人民政府管辖。
(4)对法律、法规授权的组织的具体环境行政行为不服的复议申请，分别由直接管理该组织的地方人民政府、地方人民政府的环境行政机关或者由国务院环境行政机关管辖。
授权是指有关机关通过法律、法规把某种环境行政职权授予非行政机关的组织，由该组织以自己的名义行使该项职权。接受此项环境行政职权的非行政机关的组织，就是法律、法规授权的组织，这种情况在环境立法中尚未发现。
(5)对两个或两个以上环境行政行为的另一种情况，同属于某地人民政府的两个以上不同系统的环境行政机关共同作出的具体行政行为，例如某市环境保护局和水利局对企业违反水资源保护法规造成饮用水污染或枯竭的违法行为，联合作出行政处罚决定，该企业不服申请的复议，应由这两个不同部门的共同上级人民政府管辖。
(6)对被撤销的行政机关在撤销前所作出的具体环境行政行为不服的复议申请，由继续行使其职权的行政机关的上一级行政机关管辖。
在此，需要说明的是，为体现环境行政复议的便民原则，方便行政相对人提出环境行政复议申请，根据《行政复议法》第15条第2款规定，上述2～6项所列情形，均可由环境行政相对人向具体环境行政行为发生地的县级人民政府提出环境行政复议申请，再由县级人民政府向有权机关移送管辖。
我国《行政复议条例》关于管辖的规定主要是依据以下几个原则：
保护复议申请人的合法权益是行政复议立法的根本目的，而方便复议申请人提起复议则是实现行政复议立法目的的基本前提。因此，在确立行政复议管辖时，必须采取方便复议申请人提起复议的原则，尽量避免复议申请人耗费大量的人力、物力。
行政复议立法的目的是在保护行政相对人合法权益的同时，维护和监督行政机关依法行政。因此，在确立行政复议管辖时，必须服从这一立法目的，通过对管辖权的划分和管辖机关的确定，明确行政机关上下级之间的监督机制，从而使行政复议活动能够有效地保证行政机关依法行政，实现行政复议的立法目的。
由于行政复议案件的复杂性和我国行政管理体制的现状所决定，在确立行政复议管辖时，必须在坚持复议管辖原则性的同时，赋予行政复议机关在处理管辖问题上一定的机动性和灵活性，如在复议管辖权不明确或者管辖发生争议时，应采取指定和移送管辖来解决这种问题。
环境行政复议管辖使环境保护行政机关内部监督法制化；环境行政复议管辖使复议受案范围具体化和管理相对人的复议申请得以落实；环境行政复议管辖的规定使复议机关对复议案件的审查得到合理的分工。