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渔业船舶检验费是渔船检验部门对渔用船舶进行年度和更新改造检验时收取的费用。渔业船舶检验费按《渔业船舶检验计费规定》收取，国有渔业辅助船舶、捕捞船舶及群众渔业的钢质辅助船舶、钢质捕捞船舶、非钢质辅助船舶和非钢质捕捞船舶，按规定减免的比例收取。收取的渔业船舶检验费由渔船检验部门按预算外资金管理，根据专款专用的原则，全部用于渔船检验事业。
渔业船舶检验费由中华人民共和国船舶检验局渔船分局根据不同地区、不同航区。不同货币和物价因素制订，并适时进行调整。渔业船舶检验费包括：建造中检验费、营运中检验费、载重线检验费、无线电报或无线电话安全检验费、渔捞设备检验费、起货设备检验费、吨位检验费、临时检验(如起租、退租等)费和验船师为进行检验工作所必需的差旅费、市内交通费、通讯联系费等杂费。其中验船师所需杂费按实际情况收取。渔业船舶检验收费由渔船检验部门按预算外资金管理，为了扶植和发展水产系统的船检事业，检验收费应根据。专款专用”的原则，全部用于渔船检验事业，不准挪作它用。
渔业船舶检验费收费标准的计算公式为：
F＝N·C·K
式中F——应收的检验费；
N——基数；
C——系数；
K——因素。
渔业船舶检验费审计的主要内容包括：
1．审查收费是否符合国家规定标准。以《验船签证通知单》为依据，审查有无降低收费标准，借机谋取私利、中饱私囊等贪污舞弊行为；有无任意提高收费标准，加重农民负担问题；核对《验船签证通知单》和收款收据存根，审查收费金额是否一致，有无收入不入帐、私设“小金库”问题。
2．审查是否严格划清船舶检验收费和罚没收入的界限，罚没收入是否及时上缴财政，有无隐瞒截留。
3．审查费用支出是否符合国家规定，做到专款专用。是否严格按照国家规定渔船检验和渔港监督人员服装供应办法统一着装，有无缩短使用年限，超范围、超标准发放，着装人员个人负担部分是否交齐。船检人员的加班费是否按标准发放，内控制度是否健全。有无以购置检验交通工具为名，不经有关部门批准，擅自购买小汽车，有无利用船舶检验费修建楼堂馆所等。