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基金治理结构，就是基金管理人、托管人、持有人以及其他利益相关主体之间的相互关系。根据基金组织制度的不同，基金治理结构分为公司型基金的治理结构和契约型基金的治理结构。
（一）信托（契约）型基金的治理结构
信托（契约）型基金持有人与基金管理人和基金托管人之间的关系主要为信托关系。信托关系具有以下特征：
（1）所有权与利益相分离。
（2）信托财产的独立性。
（3）有限责任。受托人因信托关系而对受益人所负的债务（即支付信托利益），仅以信托财产为限度负有限清偿责任。
因此，以信托关系为基础的契约型基金“先天性”具有剩余控制权与剩余索取权不对称的特征。
剩余控制权是指对企业合同中没有明确界定的经济活动的权利，主要指对公司资产占有、使用、收益、处分等重大事务的决策权。
剩余索取权是指总收入中扣除固定的合同性收入之后的取得剩余收入的权利。
基金管理人拥有基金财产的剩余控制权，而不享受基金剩余收入的索取权；基金投资者承担基金运作过程中的所有风险，而不拥有对基金的控制权。剩余控制权与剩余索取权的不匹配是基金合约的本质特征。
剩余控制权与剩余索取权的不对称产生了一系列问题，如基金管理人侵害基金持有人利益、基金投资目标偏离基金持有人利益最大化目标等。有效的基金治理结构就是通过对基金管理人的行为进行必要的激励和约束，使基金能以最小的成本获取相应的投资回报，或者在一定的成本下为投资者获取较高的回报。
（二）公司型基金的治理结构
公司型基金股东与董事会、基金管理人及基金托管人之间的关系为委托代理关系。因基金股东和基金管理人之间存在委托代理关系，两者之间的利益不一致产生代理成本，并最终导致基金资产管理成本增加的问题就称为委托代理问题。
委托代理关系的存在并不一定就会产生委托代理问题，如果作为委托人的基金股东能够掌握完全信息，并预测出将来所有可能发生的情况，他就有可能通过制定一份完备的合同（PerfectContract），详细地规定代理人的所有职责、权利与义务，并就将来可能发生的所有情况可能产生的所有后果及解决措施在合同中作出相应的规定，从而完全消除因为委托代理关系可能带来的所有问题。
从以上论述中可以看出，不论是对信托（契约）型基金还是公司型基金来说，都需要对基金的剩余控制权和剩余索取权进行分配，以确保基金管理人在追求自身效用最大化的同时符合基金投资者利益最大化的要求。
（三）两种治理结构模式的比较
公司型基金与信托（契约）型基金的优劣历来存在广泛争论，不过现实中越来越多的国家开始模仿美国的公司型基金。最重要的原因可能是用独立董事制度修正的公司型基金治理结构更有利于保护投资者利益。独立董事能直接对基金管理人加以干预，及时防止基金管理人有损于基金资产的行为。独立董事或董事会的监督是及时的，也是有弹性的。而在契约型基金中，即使赋予基金托管人相应的监督权，但都是建立在合约的基础上，基金托管人不能灵活处理。
不过，公司型基金治理结构也还是有不利因素的：一是增加了监督成本。监督成本有董事的薪水和为董事决策提供信息的成本，基金管理者为了自身利益影响决策的各种成本、集体决策的等待成本等。二是降低了效率。董事为了免除自身的责任可能滥用监督权从而导致效率降低。
在公司型基金迅速发展的同时，信托（契约）型基金并没有因为公司型基金的推出就退出了竞争。事实上，信托（契约）型基金只要强化基金监督，同样可以起到保护投资者利益的功效。在信托（契约）型基金的制度安排中，应强化持有人在选择管理人中的作用，改善基金管理公司的董事会结构，强化托管人的监督功能。当然，对于有效的基金治理结构来说，基金业的充分竞争包括基金管理人和其他基金受托人的充分竞争，形成一个有效的市场竞争压力也是至关重要的。