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合并抵消是指母公司在编制合并会计报表时，以母公司和子公司的个别财务报表为基础，将母公司与子公司、子公司相互之间发生的内部交易对母公司和子公司的个别财务报表有关项目的影响与合并财务报表相关项目的影响之间所存在的差异进行抵消。
母公司在合并抵消时所编制的会计分录称之为合并抵消分录。合并抵消分录的编制目的和作用是为了消除内部交易对母公司和子公司的个别财务报表有关项目的影响与合并财务报表相关项目的影响之间所存在的差异，使内部交易在个别财务报表中的反映与在合并财务报表的反映一致，但这种一致性仅仅是为编制合并财务报表。
合并财务报表是指反映母公司和其全部子公司形成的企业集团整体财务状况、经营成果和现金流量的财务报表。合并财务报表是将母公司和其全部子公司形成的企业集团作为一个会计主体，由母公司依据其和全部子公司的个别财务报表为基础合并编制成的。
合并财务报表将母公司和其全部子公司形成的企业集团作为一个会计主体，较之于母、子公司的个别财务报表，会计主体的范围有所扩展。企业集团的资金运动与母、子公司单个企业的资金运动在会计处理上将有所不同，主要体现在对企业集团内部母公司与子公司、子公司相互之间发生的内部交易的会计处理上，而对企业集团以外的交易在合并财务报表中和个别财务报表中的处理是相同的。因此，合并财务报表与个别财务报表所反映的内容既存在差异又存在相同之处。
企业集团作为一个会计主体，只是经济意义上的主体，而非法律意义上的主体，不具备法律主体资格的企业集团不可以以自身的名义开展经济业务，不独立承担相关的法律责任，企业集团的经济业务事实上是由组成集团的母、子公司以各自的名义开展的，由母、子公司独立承担相关的法律责任。
根据上述分析，单独设置一套账簿体系来核算监督企业集团的资金运动，并在此基础上编制合并财务报表，既不节约会计信息成本，也缺乏事实依据。合并财务报表应由母公司依据和全部子公司的个别财务报表为基础合并编制而成。如果不存在母公司与子公司、子公司相互之间发生的内部交易，只存在企业集团以外的交易，合并财务报表的编制只需将个别财务报表的数据汇总即成。但企业集团内部成员之间的交易始终是存在的，如母公司对子公司之间的投资活动是客观存在的，而且母公司能控制子公司的财务经营决策。除此之外，母公司与子公司、子公司相互之间通常还会发生销售商品、提供劳务和转让资产等诸多内部交易。因此，合并财务报表的编制又不同于将个别财务报表的数据简单汇总，而是要在此基础上消除内部交易对母公司和子公司的个别财务报表有关项目的影响与合并财务报表相关项目的影响之间所存在的差异。
合并抵消分录的编制目的和作用决定了其不同于日常会计处理中所编制的其他会计分录，具有如下一些自身的特征。
依据这一特征，通常情况下结合报表项目的性质就能确定合并抵消分录的借贷方涉及的具体项目，而不会将所要抵消报表项目的借贷方向弄错。例如：当抵消内部存货、固定资产和无形资产交易中的未实现利润时，如果相关资产的内部售价高于原售出方的账面价值或成本时，未实现利润为盈利，导致个别财务报表中期末相关资产的账面价值被高估，编制合并抵消分录时，贷方应抵消相关的资产项目，借方抵消相关损溢项目。如果相关资产的内部售价低于原售出方的账面价值或成本时，未实现利润为亏损.导致个别财务报表中期末相关资产的账面价值被低估，编制合并抵消分录时，借方应抵消相关的资产项目，贷方抵消相关损溢项目。
编制合并抵消分录使内部交易在个别财务报表中的反映与在合并财务报表的反映一致，但这种一致性仅仅是为了编制合并财务报表，而非调整母公司和子公司各自对外提供的个别财务报表。因此，合并抵消分录不用过账，编制了合并抵消分录也并不意味着个别报表财务相关项目的账簿数据和报表数据发生变化。
会计报表的项目名称与所对应的账户名称不完全一致，处理日常会计业务所编制会计分录借贷方都用相应的账户名称，编制合并抵消分录时，借贷方要用相应的报表项目名称。当报表项目名称与所对应的账户名称不一致时，用报表项目名称。例如在合并抵消分录中，会用到“存货”、“固定资产原价”、“期初未分配利润”、“提取盈余公积”等报表项目名称，而不是用“原材料”、“库存商品”、“固定资产”、“利润分配”等账户名称。