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合作企业指中根据国家的相关规定，在合作企业合同中约定投资或者合作条件、收益或者产品的分配、风险和亏损的分担、经营管理的方式和合作企业终止时财产的归属等事项的企业。
合作企业允许合营各方之间有更灵活的协议。在合作经营企业有权选择设立为有限责任公司或者非法人企业。而在这种非法人企业中，合作伙伴承担无限责任。这意味着，合作伙伴对合作企业的损失要承担完全责任。在实践中，大多数合作企业都是以有限责任公司的形式成立。
合作企业和合资企业之间的另一个主要区别在于，在合作企业，利润可以根据合作伙伴的自由裁量权分配，而不按照合作伙伴的投资比例分红。当事人也可以约定一方通过加速还款结构收取投资回报，而另一方将在终止公司后，对方成为公司资产的所有者。
1、组织形式
(1)合营企业：均为有限责任公司
(2)合作企业取决于是否取得法人资格：具有法人资格的，其组织形式均为有限责任公司，不具有法人资格的，其合作各方的关系是一种合伙关系
2、出资比例
(1)合营企业：一般不得低于注册资本的25%
(2)合作企业取决于是否取得法人资格：取得法人资格的合作企业，外国投资者的投资比例一般不得低于注册资本的25%;不具备法人资格的合作企业，外国投资者的投资比例不受25%的限制
3、组织机构
(1)合营企业：董事会为最高权力机构
(2)合作企业：具备法人资格的合作企业，一般设立董事会;不具备法人资格的合作企业，一般设立联合管理委员会
4、收益分配
(1)合营企业(“股权式”企业)：合营各方必须按照出资比例分配损益
(2)合作企业(“契约式”企业)：合作各方按照合作合同的约定分配损益
剩下的还有：投资回收、经营期限、董事长的产生方式、董事的任期、董事会的特别决议等方面的不同。