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企业创新运行机制主要包括创新管理的组织机构、运行程序和管理制度。一个良好的创新运行机制，能够使企业创新活动在正确决策下得以持续不断地高质量、高效率地运行。在运行机制建设方面，企业应建立一套能够有效进行决策、指挥、控制、信息反馈的组织、制度和各种人才的合理结构企业内部有很多组织环节，有各类管理人员、技术人员、各职能科室、生产车间、还有质量检验、计量等机构，这些人员和机构成为一个有机协调的整体，企业才能是吸纳创新的要求。
创新运行过程由四个阶段组成。
创新在此时只是一种创新思想。这种创新思想是由企业长期发展战略的预期而来，企业必须认识“发展差距”和“发展问题”，并为创新者创造一种产生创新思想的良好环境，其中最重要的是要为创新者提供时间和信息两类资源，同时企业必须有一个专门的发研机构来收集、处理和管理新思想。
在这一阶段，创新思想转化为创新精神。并且，在创新思想指导下，通过创新策划对其可行性按照技术、市场和创新组织方面的条件加以论证。于是，创新的技术、市场和组织方面得以策定。同时，创新项目领导者要使创新思想更有说服力，创新领导者要以创新精神鼓舞并组织创新者、下属和创新专家投入到创新活动中来；更要鼓励职工在纵向和横向两方面进行创新合作。
此时，创新开发方案进入试制产品。试制也是实验，成功之后就要开展投资策划、投资决策并用企业计划和预算保证开发决策的实施，以便大规模生产新产品。在这一阶段中，创新人才、资金和动力机制要紧密融合。同时，创新组织有别于企业营运组织的控制程序，要以鼓励创新精神和解决创新过程中出现的问题为重点，而不去套用营运管理制度。同时，创新组织必须及时关注企业内外环境的新变化，以便改进或者修订创新计划。
在开发实验成功之后，企业就要把创新开发与企业营运活动衔接起来。根据市场销售数量的大小，决定新的生产线规模。或者是建一个新厂，或者是一个车间。这里，以下三种投资是关键的：
技术方面，获得、制造生产设备的手段；
市场方面，营销手段(如市场调查、广告、推销战略、培训用户等)的开发；
组织方面，实行新的管理、监督和决策程序，对从事创新项目的人员进行奖励，奖励应既有精神，如晋职、大张旗鼓进行表彰等，又有物质，如加薪、奖金、股权、期权等；既根据创新的最终结果，但又主要根据创新者的创造性、组织能力和风险态度。
从以上分析可看出，在企业创新运行机制建设方面，企业应建立一套能够有效进行策划、决策、计划、协调、控制和信息反馈的组织、制度和各种人才的合理结构，形成既能够调动创新所需的各种资源，又可以协调管理和实施创新过程中诸多环节的有机运行的组织系统，最终达到人尽其才、晋奖刺激、沟通顺畅、合作有效，从而促进企业创新顺利进行。目前，一些企业在组织机构上存在着条块分割、各自为政等问题，严重妨碍了企业创新目标的实现，企业应在深化改革中努力地解决这个问题，建立知识、信息共享机制，使企业组织朝着扁平化、柔性化方向发展，从而提高企业整体创新能力。