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净额定时支付系统是指在定期进行双边或多边轧差基础上进行资金转账的支付系统。目前，几乎所有的国家都存在净额定时支付系统。即使已经建立全额实时支付系统的国家和地区，也依然保存着净额定时支付系统。
净额定时支付系统具有如下特点：
(2)在每日预定的时点或营业日结束时定期进行最终清算；
(3)结算过程可以基于，也可以不基于中央银行货币的最终转账；
与全额实时支付系统相比，净额定时支付系统在风险管理方面存在不少弊端：
(1)由于此类系统可能掩盖风险规模并且可以转移和集中风险，因此，参与者容易受到交易对方风险的影响；
(2)由于支付指令的处理不具有实时性质，因此净额定时支付系统将面临支付迟延风险；
(3)由于该系统需要进行借贷轧差，因此面临轧差结果被作废的法律风险。
当然，通过减少机构之间支付的次数和总体交易金额，净额定时支付系统也可以提高国内支付系统的效率；同时，通过轧差和定期结算，该类系统还可以节约系统参与者的成本。
从理论上讲，完备的支付清算体系应该既有全额实时支付系统，又有净额定时支付系统。其中，全额实时支付系统为社会提供快速但成本较高的支付清算服务，支持每笔交易金额在规定金额以上的大额支付业务和紧急小额支付业务，是支撑一国市场交易活动的主动脉。净额定时支付系统为社会提供低成本、大批量的支付清算服务，是维系广大市场参与者参与复杂经济活动的众多静脉。因此，两类系统的分工合作，可以适应不同的消费者偏好，满足社会多样化的支付清算需求。同时，由于全额实时支付系统通常会对系统参与者的资格和交易金额设置限制，因此，两类系统的并存客观上起到了对系统参与者及其业务进行合理分流的作用，这样将有利于支付系统风险的分类管理以及一国支付体系总体风险的控制。