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农产品质量安全是指农产品的内在品质与外在因素对人体健康的影响状况,要求农产品在生产产地、生产过程、贮存、运输、加工、销售各个环节都达到安全标准要求,对人和环境不会导致危害和损失。
1、生产过程中禁用农药、兽药的使用导致农药、兽药残留超标。农药、化肥使用是关系农产品质量安全的关键环节。近年来我国农药使用量不断上升，且相当一部分是高毒、高残留农药。据统计，我国每年使用的农药170万吨中，大约30%含有有机磷，它对于毒性的残留、对消费者的健康有很大影响。如甲胺磷、氧化乐果和对硫磷等禁用农药的非法使用和百菌清等非禁用农药的不合理使用，造成了农药残留超标率较高。动物性农产品的抗生素、激素残留问题。抗生素残留可引起病原茵对多种抗生素产生抗药；高激素残留，特别是性激素，对青少年的生长发育极为不利；瘦肉精将导致人的心率加快，代谢紊乱等不良后果。
2、加工过程中超量使用食品添加剂或使用已经明令禁止的食品添加剂、违规使用已经禁用的人工合成色素等。据统计，目前我国共有食品添加剂1500多种，含添加剂的食品达1万种以上。由于添加剂的安全性不是100%，若使用不当，就会危及健康。
3、产品包装、标签等不规范，虚假标签、以次充好等假冒伪劣产品较多；
4、菌落总数、大肠杆菌群等卫生指标和砷、铅、镉、汞等重金属指标超出国家强制性规定的标准。
5、农产品加工、包装、存储、运输过程中由于设备、工艺操作等方面存在问题而导致的“二次污染”严重。
6、转基因农产品的安全问题。
1、标准体系不完善，监测手段落后
农产品质量安全监测体系建设刚刚起步，农产品质量安全监测的覆盖率极低农产品质量安全检验检疫技术、设施落后，检测的产品数量不能满足市场的需要，绝大多数的农产品还未能得到有效的监督。
2、交叉管理，监管不力
农产品质量安全是一项综合性的工作，但缺乏综合的规划和统一的部署，各部门都以不同的渠道参与农产品质量安全的监督和管理，没有形成统一牵头协调的主管单位，市场抽检常常重复，交叉管理，从而造成了农产品质量安全管理上的混乱。
3、环境污染严重，农业生态恶化
农民的安全意识薄弱没有按照操作规程安全、合理地使用农药和肥料,使农业生产环境遭到了污染,加上随着工业的不断发展,工业“三废”和生活垃圾的不合理排放,造成土壤污染日趋严重土壤再生产能力下降,农业生态环境明显恶化。
4、农业标准化生产水平低
农产品生产极为分散，大多数农产品生产规模小，生产随意性大，标准化生产程度低生产过程缺乏有效的监控，质量安全水平难以得到保障。
1、建立健全农业标准体系
围绕我国农业产业化发展的要求和特点，积极组织制定产地环境标准、农业投入品标准、生产技术标准和质量安全标准，形成农业标准体系。要以无公害农产品、名优农产品为重点，配套完善急需的种子、种苗、种畜禽、农用生产资料、生产技术规程、产品质量等级、检验检测和现代设施农业等标准；研究制定具有特色的原产地域保护产品标准、无公害农产品和优质农产品评价标准、农产品收购、储运、加工、包装标准。经过3～5年的努力，初步建立我国的农业标准化体系、农产品质量安全检验检测体系，建立健全相应的法律法规，形成以国家标准、行业标准为主，地方标准和企业标准相配套，与国际标准接轨的产前、产中、产后全过程的农业标准体系，农业标准化得到普遍实施。主要农产品基本达到无公害标准要求，出口农产品达到国外同类产品的先进标准要求，全面提升我国的农产品质量安全水平。
2、建立和完善农产品质量检验检测体系
以完善检验检测手段、提升检验检测能力和技术水平为重点，以农产品质量安全评价鉴定为宗旨，充分利用现有的检测资源，在生产加工企业和农产品生产基地、超市、农产品批发市场等流通场所增加配置不同层次的检验检测设备，实行快速检测与实验室标准检测相结合，增加抽检频率，不断扩大检测监控的覆盖面和检测内容，形成企业自检、社会中介机构委托检测和具有法定资质的专业检测机构监测相结合的三级检验检测网络。
3、加快发展农产品质量安全认证
农产品质量安全认证已成为我国农产品质量安全体系建设的基本内容，是农产品质量安全工作的重要组成部分，也是通向国内外市场的通行证。在建立健全农产品产品认证和产地认定的同时，对农业投入品生产企业、农产品加工企业、农业生产从“土地到餐桌”全过程实施农产品质量安全认证，形成无公害农产品、绿色食品和有机食品“三位一体、全面推进”的农产品质量安全认证格局，并在此基础上，积极推行GMP（良好农业规范）认证和HACCP（食品安全管理体系）认证。遵循国际通行的做法，按照我国《认证认可条例》的基本要求，结合我国农业发展的实际，不断地规范、创新和完善农产品质量安全认证管理的运行体制和发展机制，充分发挥农业部门的职能作用，紧紧依托农业系统的资源优势和技术条件，加快发展农产品质量安全认证。
4、建立健全农产品质量安全市场准入制度
为了保障消费安全，有效防止存在质量安全隐患的农产品进入市场，应积极推行农产品质量安全准入制度。加强各部门的协调和配合，结合农产品产地认定、产品认证和产品标识管理，鼓励生产加工企业和生产基地、超市、批发市场建立产销对接，采取厂—商挂钩、厂—地挂钩、商—地挂钩的合作机制，实行连锁经营和直销配送，把产品标签与农产品认证标志、产品商标有机地结合起来，全面推行农产品质量安全准入制度。对目前尚无条件实行农产品质量安全准入制度的偏远山区县市，经销商要落实食品安全承诺协议制度，主动提供正规进货手续和质检报告，审查合格后再准予销售，对进场交易的产品要建立登记申报制，标明产品名称、产地及经营者，实行责任追究制，并探索建立“IC卡管理”等形式的农产品质量安全追溯办法，实现从生产到销售全程质量追溯。
5、建立农产品质量安全信用体系
建立生产经营和食品安全监管信用档案信息数据库，建立网络服务系统，在网站上开通农产品质量安全信用评价系统、农产品质量安全信用检索系统，增加农产品质量安全信用的透明度，扩大消费者对农产品消费安全的知情权；建立行业信用监管机制、征信业务合作机制，规范、引导和督促农产品质量安全工作；建立农产品质量安全信用的分类监管、联合征信、等级评价、信息发布、诚信激励和失信惩戒制度等制度规范，以强化生产经营者的责任意识和信用意识，促进农产品生产经营企业的行业自律行为，提升政府部门的农产品质量安全监管水平；培育信用中介服务机构，开展信用调查、信用担保等服务，通过市场经济运行规律，发挥行业协会的中介作用，促进信用体系的进一步完善并形成良性循环。
6、建立和健全农产品预警预报机制
依托行业协会及主管部门，尽快建立重要农产品的数量、价格监测系统，坚持重点监控与系统监控结合，监测不同地区、不同品种农产品生产、消费、贸易状况。加强农产品信息建设，建立我国农产品安全预警系统，保障人民的消费安全。密切关注和研究市场变化、重大自然灾害对食品供给带来的影响，提前作好各种应对准备，以便及时采取有效措施，确保我国农产品安全。