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公文流转是指文书在系统中不同模块之间的传递。文书的流转有一个起点，一般由文书的制作人发起，经由本部门以及其他部门的处理(如审批)，最终到达一个终点(归档入库等)，从而形成一个完整的工作流程。
公文流转系统涉及到比较复杂的办公流程，在开发的过程中受到诸多方面的制约，综观目前的公文流转系统，其成功与否受到几个关键技术的影响，包括身份验证技术、数字签名与传输加密技术、工作流定义技术、审批应用技术、电子签章和痕迹跟踪技术等。
1、身份验证技术
由于政府机关公文处理工作具有保密性、严肃性的特点，因而公文流转系统必须使用与之相适应的身份验证技术，并基于此形成完备的用户权限体系。目前的公文流转系统多采用直接的用户名和密码的身份控制机制，少量系统也使用智能卡的身份验证体系。目前的身份验证技术主要有简单用户密码匹配、物理地址识别、智能卡等硬件识别、生物识别等，它们的安全程度不同，开发和应用成本也有很大差别。
2、数字签名与传输加密技术
政府公文流转过程中严格的保密性是公文流转系统基本的要求之一，也是政务类应用软件验收的硬性指标，所以一个成熟的公文流转系统必须使用数字签名技术，并在其基础上对数据传输进行加密，数字签名技术也是识别用户身份，确定公文责任的主要技术。在一些公文流转系统中以应用了小型的CA数字签名认证系统。
3、公文流定义技术
政府机关公文流转的一个重要特征就是流程复杂，难以用标准的程序化语言解释，因而公文流转系统必须有与之相适应的工作流程定义系统，使操作人员能够自主地设定公文流转流程。目前一些基于LotusNotes的公文流转系统借助于Notes系统强大的工作流设置引擎实现了一般的流程设定，但整体效果与实际工作仍存在一定的差距。有无灵活的工作流定义体系成为了影响公文流转系统成功与否的关键要素。
4、审批应用技术
在公文处理过程中，发生着大量的审批修改行为，而且大部分操作者是政府机关中的领导人员，所以在公文流转系统中的审批技术是否适合领导的办公习惯就显得尤为重要。目前流行的审批技术是利用手写板对公文进行全文批注，再以矢量图形的形式保存，接下来由具体的文书人员对审批后的公文进行处理。根据目前的发展趋势，这一类型的审批技术将仍在公文流转系统中占主导地位，但具体的应用形式可能产生变化，如引入手写识别、采用新型的硬件设备等。
5、电子签章技术
传统的公文是否有效与其是否具有公章直接相关，这种红头+公章的公文处理模式仍会延续到公文处理系统中，由于没有具体规定的出台，因而对于电子签章的合法性问题还存在很大的争议。在一些公文系统中，使用模拟化的电子签章，在公文上直接加盖，再由高精度打印设备打印，或作为二次加盖传统公章的凭据。在政府机关未形成大范围的无纸化办公的前提下，电子签章技术的发展趋势呈现以数字化的虚拟签章使公文在系统中生效，一旦需要出现纸介质公文时，在输出后对公文的合法性进行数字与人工的混合验证，并加盖传统的公章。
6、痕迹跟踪技术
公文在处理的过程往往经过多个部门的多个工作人员，可能存在大量的修改行为，为了保证公文的原始信息，确定公文责任，需要对各种修改行为进行跟踪，并形成附属公文的流程跟踪报表。目前的公文流转系统大多实现了这一功能，或在数据库中、或在文档上保留公文处理的痕迹，以备审核。