会计系统控制是指通过会计的核算和监督系统所进行的控制，主要包括会计凭证控制、复式记账控制、会计账簿控制、会计报表控制及其财务成果控制。
企业应当按照会计法和国家统一的会计控制规范，对会计主体发生的各项经济业务进行记录、归集、分类和编报，完善会计业务的处理流程，充分发挥会计系统的控制职能。
企业的会计系统为企业提供成本信息、营运信息、生产信息、库存信息等。因此，企业应加强会计系统控制。会计系统控制主要包括：
1、建立健全内部会计管理规范和监督制度，明确权责，相互制约。
2、统一企业内部会计政策。
3、统一企业内部会计科目。
4、规范会计凭证、账簿和财务报告的处理程序和方法。