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专款支出是指由财政部门、上级单位和其他单位拨入的指定项目或用途的挖潜改造资金、科技三项费用等指定项目或用途的支出。
(1)专款专用。
专项资金按照指定的用途使用，不能改变用途挪作他用。
(2)按实列报。
专项资金应以实际支出数列报支出，拨出单位不能以拨作支，用款单位不能以领代报。
(3)单独核算。
单位收到的拨入专项资金，应存入银行，及时入账，另立明细账户单独核算。
(4)专项结报。
要根据拨款单位的要求，及时报送资金使用情况和事业成果报表。事后，要专项办理报销手续，将余款缴回或由用款单位按拨款单位的规定办理。
(一)专款支出应设置的会计科目
专款支出的核算应设置“专款支出”会计科目。事业、行政单位按指定的项目或用途开支各项费用时，借记本科目，贷记“银行存款”、“材料”等科目；项目完工向有关部门单独列报时，借记“拨入专款”科目，贷记本科目。本科目按专款的项目设明细账。
(二)账务处理
例1.某科研单位由上级主管部门拨来某项科学研究费100000元。
(1)款项已存入银行。
借：银行存款 100000
贷：拨入专款 100000
(2)开出转账支票，购入研究该项目所需的甲材料42000元，材料已验收入库。
借：材料 42000
贷：银行存款 42000
(3)开出转账支票，购入研究该项目所需的分析仪器，价款15000元，该仪器已验收并交付使用。
借：专款支出 15000
贷：银行存款 15000
借：固定资产 15000
贷：固定基金 15000
(4)研究人员领用甲材料41000元。
借：专款支出 41000
贷：材料 41000
借：专款支出 18000
贷：银行存款 18000
(6)用银行存款支付该项目的实验设备修缮费9000元。
借：专款支出 9000
贷：银行存款 9000
借：现金 8000
贷：银行存款 8000
借：专款支出 8000
贷：现金 8000
(8)开出转账支票，支付该研究项目负担的水电费3000元。
借：专款支出 3000
贷：银行存款 3000
(9)该科研项目已经完工，将本项目费用转入“拨入专款”账户。
借：拨入专款 94000
贷：专款支出 94000
(10)该科研项目，采用费用包干形式，结余款项自己留用。将结余款项转入专用基金——修购基金。
借：拨入专款 6000
贷：专用基金 6000