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专利银行是从专利权人手中吸纳有价值的专利，在不改变专利所有权的前提下对专利进行统一的托管运营，创造价值后与专利权人分享。
关于专利银行运作模式的设计，关键的三个环节是专利输入、专利管理和专利输出。
一、专利输入模式
商业银行运作，核心基础是资金库，相应的专利银行运作，核心基础是专利项目库。专利银行建立项目库，首先要考虑的就是如何搜集项目，方式初步设计如下：
（一）深入企业、院所挖掘
通过对中关村等区域重点企业、院所的创新状况、专利状况的了解，同时对行业趋势、技术水平、市场需求等方面的信息分析把握，有针对性地深入企业、院所挖掘其可经营的专利项目，再通过谈判，研究确定专利银行吸纳企业、院所专利项目的方式。
（二）刊登广告购买
通过网络、刊物等形式，大范围地刊登专利银行购买有价值专利项目的广告，吸引专利权人主动上门；再通过具体谈判确定专利银行吸纳其专利项目的方式，购买、许可转让代理或一般推介等等。
（三）对接其他工程
通过专利托管、联盟专利池等渠道，集中寻找合适的可经营的专利项目进行谈判，将其吸纳到专利银行，为其开展经营代理或别的工作。
（四）悬赏中介机构
社会上一些代理机构、评估机构、转移机构等也掌握这一部分专利项目资源，可以通过悬赏的方式鼓励这些中介机构将掌握的专利项目资源推介到专利银行。具体悬赏的方式可以采用事后收益分成的方式、简单推介费或者其他回报方式。
二、专利管理模式
专利银行区别于一般交易所的一个重要特点是，对专利项目库的增值管理。具体方式如下：
（一）分类展示
专利银行最基本最初级的服务是对入库的专利项目进行分类展示，供专利需求方较好的寻觅。分类展示结合技术分类、市场分类等因素进行详细的有层次的划分。
（二）组合包装
某些单个专利项目可能体现不出太大价值，但是很多专利组合在一起或许就是一个很好专利产品或技术解决方案，因此专利银行就利用项目库里专利庞杂的特点，对相关专利进行梳理组合，适当包装，将若干割裂的专利变成有市场价值的专利组合。
（三）重点孵化
对专利银行吸纳的一些属于重点、热点，但是还不能够直接市场化的项目，进行重点孵化，联合一些有实力、有资源的机构进行小试、中试，最终转变成可直接市场化的项目。
（四）配备买方信息库
接洽一批寻求项目的投资者或者大企业，将其相关信息记录在库，定期与其进行沟通，了解掌握他们最新需求信息、关注方向等等，为专利项目筛选、整合提供必要依据。
（五）配备中介资源信息库
掌握一批中介机构的资源，通过不定期的沟通、合作，了解掌握专利卖方的一些信息，为项目对接提供便利。
三、专利输出模式
专利输出是专利银行的一个重要目的。不论项目库的建立还是模式的探索，最终是希望将专利输出，转化成现实生产力。具体输出模式的设计如下：
（一）专利推介对接
这是最简单的一种方式。通过简单展示，为专利供给方提供宣传的机会，为专利需求方提供选择的项目，专利银行不深层次介入，只是为专利买卖双方提供平台，一旦对接成功也只是收取一定佣金。
（二）直接产业化
专利银行中，有的专利项目可能是专利银行和权利人达成独占许可的协议或权利转让到专利银行的情况，专利银行根据项目实施的难易状况，可选择直接产业化，委托别人生产或销售。
（三）专利许可、转让销售
有的专利项目，专利银行是作为经营代理，因此可以全权寻找被许可方或转让接收方，成功后和专利权人分红获益。
（四）专利入股
有的专利项目可以成为某创业企业的重要技术支撑，因此就可以将专利项目作价技术入股。专利银行根据与专利权人的协议商定方式获取收益。
（五）专利拍卖
通过拍卖会的形式或者拍卖网的形式，输出专利项目。
（六）联合技术经纪人
专利银行与众多技术经纪人、经纪公司建立联盟式合作，这些经纪人只要促成专利银行的项目输出获益，就可以获得提成收益。通过这种方式吸引众多技术经纪人与专利银行合作，减少竞争对手。