南京大学与中国科学技术大学有都是一个层次的大学，很多相同之处：他们都是仅次于清华大学和北京大学的存在，他们又同属“华东五校”，又都是C9联盟高校，他们都是中央直管的副部级大学、985工程大学和“双一流”建设A类大学。
南京大学和中国科学技术大学又都有自己的特点。南京大学的优势学科是理学和人文社会学科，人文底蕴更厚重；中国科学技术大学的优势学科是理学和少数工学，科研氛围更强烈。他们哪个更好，其实是一样的好，考生在填报志愿时，一是看自己的兴趣与发展规划，喜欢从事科研工作的选择中国科学技术大学更好；二是专业择优，自己想学的专业在哪个学校更强，就选择哪个学校。
南京大学
南京大学最早的前身是1902年创建的三江师范学堂。此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，其中他在国立中央大学时期，曾经排名亚洲第一。学校于1950年更名为南京大学。1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。南京大学被称为拆分最惨的大学，现在的东南大学、江南大学、南京师范大学、南京农业大学、南京工业大学、南京信息工程大学、江苏大学等19个所著名高校，都曾经得到过南京大学拆分的院系专业。
南京大学再隶属于教育部，拥有88个本科专业；专业硕士学位授权点25个，专业博士学位授权点1个，硕士学位授权一级学科48个，博士学位授权一级学科40个。现有本科生13000多人、硕士研究生16000多人、博士研究生7600多人、外国留学生1400人。
一级学科国家重点学科8个：中国语言文学、数学、物理学、化学、天文学、地质学、生物学、计算机科学与技术学二级学科国家重点学科13个：马克思主义哲学、世界史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、情报学、微电子与固体电子学、环境科学、材料物理与化学、气象学、自然地理学、外科学（普外）世界一流学科建设学科15个：哲学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理 第四轮学科评估结果，南京大学共有41个学科评级在C-以上，具体学科名单如下图。
二、中国科学技术大学
中国科学技术大学隶属于中国科学院，位于安徽省合肥市。学校最早于1958年创建于北京，首任校长由郭沫若兼任。1970年在京校外迁大潮中，学校迁至安徽省合肥市；学校是唯一参与国家知识创新工程的大学。学校的历史不长，但是中国科学院的背景非常重要，学校科研实力极强。
一级学科国家重点学科8个：数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、科学技术史、力学、核科学与技术
二级学科国家重点学科4个：天体物理、地球化学、通信与信息系统、计算机软件与理论
国家重点（培育）学科2个：安全技术及工程、管理科学与工程
世界一流学科建设学科11个：数学、物理学、化学、天文学、地球物理学、生物学、科学技术史、材料科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、安全科学与工程
第四轮学科评估结果，中国科学技术大学共有28个学科评级上榜，具体学科评级如下图。
南京大学与中国科学技术大学在专业优势方面比较，南京大学的人文社会类学科更强，同时他的理学类专业与中国科学技术大学相比各有所长，部分学科更强，同时计算机类和电子信息类专业也很牛；中国科学技术大学理学类和工学类更牛，同时有中科院这个背景，科研资源更丰富。在选择上，想搞科研去中国科学技术大学更好，其他可以考虑南京大学。