这要看如何理解统一这个词了：
事实上自从武士阶层在日本崛起后大化改新效法大唐文明创立的中央集权政体就在日本消亡了，所谓的日本幕府说到底其实也不过是一介诸侯，只不过是各路割据诸侯势力中最为强大者，所以才能以实力既架空天皇又压制诸侯，成为日本实际上的统治者。
所谓战国时代只是因为室町幕府对地方势力的控制力削弱导致的地方势力混战而已，实际上在此之前的镰仓幕府、室町幕府之下都分布着诸多地方割据势力，这就类似于中国历史上的西周时期——尽管地方上呈现割据状态，但由于有天下共主的压制，彼此之间还能较为和谐地相处。而进入战国时代后则彻底进入诸侯大名割据混战的混乱状态，这就更类似中国历史上的春秋战国时期。
丰臣秀吉的统一依然延续着之前镰仓幕府、室町幕府统一日本的方式——凭借势力压制地方势力，由此构建起像中国西周王朝那样的联盟体系，这和中国在秦始皇嬴政之后的中央集权政体是完全不同的。当然这的确也是一种统一，否则中国历史上的夏、商、周三代算不算统一王朝呢？只是这种统一是一种联盟体系的统一，类似于现代的联邦制度，和后来美利坚、德意志的统一有相似之处；而不是像秦始皇嬴政那样的中央集权式的统一。
事实上在丰臣秀吉之前织田信长是尝试过进行中央集权式的统一的——织田信长一直坚持以武力征服对手，而不是用实力压制对手令其臣服即可，织田信长在自己攻占的领地上都进行了有效的直接控制，这和之前的镰仓幕府、室町幕府具有本质的不同。然而日本毕竟不是中国——封建割据状态在这个国家依然根深蒂固，实际上织田信长之死从某种意义上而言：正是他希望构建全新的中央集权政体和地方诸侯大名割据势力之间的矛盾扩大化所致。
丰臣秀吉出身卑微，没织田信长那样的雄心壮志——在他看来：统一日本已是无上荣光，至于是通过联盟体系完成统一，还是中央集权式的统一并不重要。而选择后者大大减轻了他在统一日本的过程中所面临的阻力，因为地方诸侯大名完全可以接受自己头上有一个天下共主，毕竟在镰仓幕府和室町幕府时代他们也经历过类似的事，然而如果要直接剥夺他们的封地，把他们变成平民百姓，那势必招致极其强烈的反抗。最终丰臣秀吉选择了通过联盟体系完成统一，直到明治维新后通过废藩置县日本才实现了中央集权式的统一，正因为如此在清末主张效法日本维新变法的仁人志士口中称废藩置县为“周秦之变”——由周代分封制向秦代郡县制转变。