小老鼠舒克出生在一个名声非常不好的老鼠家庭，一生下来就注定背上了“小偷”的罪名。舒克不愿意当小偷，于是，他决定离开家，开着直升飞机到外面去闯闯，用自己的劳动来换取食物……
贝塔也是一只小老鼠。从他降生的那天开始，就有一个可怕的影子始终跟踪着。那影子就是小花猫咪丽。贝塔不愿饿死，他得想办法活下去。后来，贝塔当上了坦克兵，击败了咪丽。他决心去寻找属于自己的生活，去一个没有猫的地方去……
机缘巧合，舒克认识了贝塔，两只小老鼠不打不相识，很快成为了好朋友！他们又认了一个小男孩--皮皮鲁。在皮皮鲁的帮助下，舒克和贝塔创立了舒克贝塔航空公司，为更多的小动物们服务。
航空公司的运行也不是一帆风顺，海盗总是三番五次的来给他们捣乱，机智勇敢的舒克和贝塔最终战胜了海盗，让小动物们都过上了快乐平静的生活……