埃博拉病毒通过野生动物传到人，并在人群中蔓延扩散。埃博拉是通过密切接触到感染动物的血液、分泌物、器官或其他体液而感染人类。人间传播则是与感染者的血液、分泌物、器官或其它体液直接接触（通过破损皮肤或粘膜），以及间接接触受到这类体液污染的环境而导致的。在非洲古老安葬仪式上，哀悼者与死者尸体发生直接接触，也可能造成埃博拉病毒的传播。
目前证据显示，非洲果蝠是埃博拉病毒的自然宿主，包括锤头果蝠（Hypsignathus monstrosus）、无尾肩章果蝠（Epomops franqueti）、小领果蝠（Myonycteris torquata）等。尽管埃博拉病毒也能感染非人灵长类动物（如大猩猩和黑猩猩），但普遍认为，非人灵长类动物和人一样，都是埃博拉病毒的偶然宿主，而非自然宿主。
1989年在菲律宾猴子身上发现的雷斯顿埃博拉病毒，又在菲律宾农场的家猪中发现。因此，猪可能是埃博拉病毒传播的中间宿主。