在《水浒传》中，梁山的整体实力比方腊强一点。具体的说，方腊军中的顶尖人才，如司行方，厉天闰，邓元觉，方杰，王寅，石宝等人的战力不输梁山五虎级将领。但中层以下，也就是梁山八骠乃至小彪一档的中下层将领，方腊集团就远不如梁山了。
比如说，钱振鹏是方腊军中除了顶尖人才之外最厉害的将领之一，但对阵关胜，三十合即被打败；号称万夫不当的白钦，也只能跟梁山排名第54的吕方打个平手。
钱振鹏、白钦在方腊军中已经是中层顶尖战力了，他们尚且不经打，那就可以想象方腊的几个大将军，江南十二神，二十八星，到底是什么水准。
不客气的说，方腊的中层武将，撑死了就是梁山小彪，乃至不入流角色的水平。
另外除了武将，方腊集团的文官和士兵素质也不如梁山。方腊建国称帝，他麾下有一套成体系的文官班子。但《水浒传》的作者对这方面的描写很粗糙。
方腊的文官体系中，除了一个娄丞相外，其他文官连名字都没有。士兵虽然多（兵力远超梁山几倍），但大多不堪一击。
比如苏州一战，李逵、鲍旭、项充、李衮等二百余人混入城中，项充一刀杀了个官，李逵砍翻了十几人。守水门的五百方腊军居然一哄而散。守军除了郭世广拼死抵抗，与宣赞同归于尽之外，自三大王方貌以下，均毫无斗志，争相逃命。
还有独松关战役，梁山前期吃了大亏，但后来孙新、顾大嫂、李立、汤隆、时迁、白胜六人越过独松关放火，守军元帅厉天闰看见此情此景，居然带着三万人马落荒而逃，被卢俊义的一万五千人追杀了四五十里。
另外杭州之战，乌龙岭之战，睦州之战，昱岭关之战，也都是如此。梁山略施小计，守军便不战而逃，溃不成军。
所以说，就总体而言：虽然方腊的顶尖人才不输梁山，兵力也比梁山多得多，但士兵大部分都是胆小鬼，动辄被十几个潜入的特务吓得不战而逃；中层不经打，没几个拿得出手的；文官也不顶什么用。
如果梁山对方腊，是摆开阵势对决一场，那结果八成就是梁山完胜。
理由就是前文所述，双方干部和基层士兵的整体水平不在一个档次。
不过，以上只是根据《水浒传》小说中的虚构内容做的对比。如果按照真实历史，梁山给方腊提鞋的资格都没有。因为历史上的方腊，那是正儿八经，建立了政权，当过皇帝的豪杰。
北宋宣和二年，方腊起义。当时，方腊身边的追随者就高达五十多万人（包括没有战斗力的妇孺）。方腊地盘最大时，领有杭州等六州五十二县。约相当于现在安徽、江苏南部、江西东北部，以及浙江省全境。起义规模极大，堪称是震动东南。
为了镇压方腊，北宋朝廷调集了京畿禁军和陕西六路西军（都是当时的精锐），共计十五万人，才把方腊起义彻底镇压了下去。所以不恭维的说，方腊起义在中国历史上的历次农民起义中，也是排的上号的。
而反观当时的梁山起义，则完全不能比。
历史上的梁山起义，大致经过很简单。
北宋宣和元年，宋江等36人占据梁山，招募义军，聚众起义。有了人马后，宋江率众攻打黄河下游一带的京东东路，攻陷十余郡城池，惩治贪官，杀富济贫，声势日盛。
同年，宋徽宗闻知，便采纳一个叫侯蒙的地方官的建议，颁旨招安，想招揽宋江。但诏安未果。于是，宋徽宗便命令地方官前往征讨。宋江打不过，就避其锋，在山东一带打游击，与官军周旋了一年多。
宣和三年二月，就在官军与方腊厮杀时，宋率军袭取淮阳军（今江苏省睢宁县），随后乘船进抵连云港。当地的地方官张叔夜知道后，便招募了上千人的敢死队，并根据宋江当时在海上活动，偶尔登岸骚扰的习惯。制定了一个在海边设伏，诱敌深入，团灭宋江义军的计划。
当年五月，宋江出现在海边，准备登岸骚扰连云港。张叔夜按照计划，先派出一支炮灰部队出击，引诱宋江与这帮炮灰交战，同时命令一支精兵埋伏在海岸边，待宋江上岸后烧船，断他后路。宋江对此浑然不知，等他杀得兴起之后才发现，自己被包围了。而船也被烧了，没法跑了。
宋江起河朔，转略十郡，官军莫敢撄其锋。声言将至，叔夜使间者觇所向。贼径趋海濒，劫巨舟十余，载卤获。于是募死士，得千人，设伏近城，而出轻兵踞海诱之战。先匿壮卒海旁，伺兵合，举火焚其舟。贼闻之，皆无斗志。伏兵乘之，禽其副贼，江乃降。——《宋史·张叔夜传》最后，宋江打不过官军，又没法跑，所有人就此被俘。起义遂被镇压。
宋江起义，大致经过就是如此。很简单，他和方腊，一个是委派地方官征剿，一个是调中央精锐征剿，这差距简直不要太明显。
另外关于宋江起义，历史上还有一个争议。
那就是宋江到底有没有参与征剿方腊余党。
按照中国科学院语言研究所委员余嘉锡先生的考证，宋江被俘后没死，接受诏安，参与了朝廷征剿方腊余党的战斗（当时方腊主力已被镇压，仅存余党还在活动）。
理由有几点出处。
一是徐梦莘《三朝北盟会编》引《中兴姓氏奸邪录》中的记载：“宣和二年……以（童）贯为江浙宣抚使，领刘延庆、刘光世、辛企宗、宋江等军二十余万讨之。
二是徐梦莘《三朝北盟会编》引《林泉野记》中的记载：宣和三年……（刘）光世遣谍，察知其要险，与杨可世遣宋江并进，擒其伪将相，送阙下。
三是杨仲良《续资治通鉴长编纪事本末》中的记载：（征方腊攻帮源洞）王涣统领马公直并稗将赵明、赵许、宋江，既次洞后。
如果这些记载属实，那宋江被俘后，就是参加了镇压方腊的行动。
但也有人认为当时有两个叫宋江的人，起义的宋江和征讨方腊的宋江，不是一个人。如果这样算，那他就没有参加。
至于到底有没有，史料记载不详细，没办法给出确切结论。