靖难之役成功之后，朱棣夺了侄子朱允文的江山坐上了皇帝宝座，然后把都城从南京迁到了北京，南京作为陪都继续存在。
朱棣在南京保留了吏、户、礼、兵、刑、工六部，同时继续设置都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同，北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。其设立应天府主要原因是为了笼络南方士子与建文旧臣，同时也是为了显示自己的正统地位，尊奉“朱元璋”。
虽然南京六部的权力远不如北京六部，但是南京六部也有一定职权。主要是因为南京所在的南直隶地区辖十五个府又三个直隶州，相当于今江苏、安徽两省及上海之地，却不设布政司、按察司、都指挥司三司，原来三司执行的职权便由南京六部负责，其中又以南京户部、南京兵部的权力最重。
南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，同时还负责漕运、全国盐引勘合。
南京兵部负责南京地区的守备，南京地区的49个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。南京兵部尚书（著名心学家王阳明就当过南京兵部尚书）一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。
南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。
南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名。
南京工部负责南京及附近各省之土木、水利工程，机器制造工程，同时负责制造南京户部刷印盐引勘合的铜版。
南京礼部负责整个南直隶典礼事务与学校、科举之事。
因此南京六实权的大小和北京的六部相对比较，北京六部掌握这全国的军政要务，而南京六部仅仅掌握着南直隶这一块的军政。南京真正有实权的就三人：镇守太监、南京守备、和参赞机务(南京兵部尚书兼任）。
同京师六部一样，南京六部官员也要日常坐班，六部衙门也有人轮流值班，衙门负责人需要定期向北京述职，至于上朝，不是有品级的京官肯定不用上朝的。
南京六部设置最大的作用就是留下一套备用班底作为退路，北京是国都，南京是留都，也是备用国都。一旦北京有什么事情，国都随时可以迁回南京。土木堡之变时，朱祁镇被俘，就有官员主张迁都南京，幸好被于谦制止。明末崇祯死后，北方沦陷，福王朱由崧等人就是利用南京的备用班底建立起了南明小朝廷，可惜其内部攻讦严重，白白浪费了南京大好资源。