在某种程度上可以说，目前和今后相当一段时期内我国运输业解决体制性障碍要比解决能力和技术问题更为紧迫，必须提高驾驭现代运输管理体制的能力。
运输仍处于初级阶段
1990年代中后期以来，我国政府采取一系列政策措施加大了交通基础设施的投资和建设力度，运输化过程明显加快，长期以来交通运输对国民经济的瓶颈制约得到初步缓解。特别是高等级公路、港口和集装箱运输设施以及民航业得到快速发展，市场融资能力增强，铁路的运输能力和技术装备水平也有相应提高，使运输业在满足运输需求、降低运输成本、提高运输质量方面发挥了重要作用，有力地促进了经济繁荣。
但从总体上说，中国的运输化仍旧处于需要迅速扩大运输能力的初级阶段。虽然最近十余年是我国运输业发展力度最大的时期，但运输网能力不足，整体运输技术装备水平不高，运输企业规模小和组织结构落后，城市交通阻塞状况恶化，公路超载和乱收费严重，运输管理和法制建设不完善，交通安全问题形势严峻，运输市场的正常秩序尚未完全建立，运输业发展与资源环境的矛盾等问题仍旧十分突出或愈见突出。
我国当前所处的运输业发展阶段使我们不但要继续关注运输化初级阶段加快运输设施建设、提高技术水平和扩大运输能力等一般性问题，还必须关注属于阶段转换时期的特殊问题，特别是要强调通过连接性实现各种运输方式的综合与协调发展。
从运输需求变化的趋势看，我国工业化目前阶段的能源、原材料和重化工产品的运量仍在继续增长，但高加工度和高技术含量产品的数量也在上升；除了国内市场持续扩张引起的运输需求增长，我国作为世界加工中心参加全球经济分工也要求运输体系与国际更好接轨；农业进一步商品化和扩大市场在提高交易效率方面对交通运输的依赖程度愈益明显；农村人口城市化对客运形成巨大压力，但同时居民收入水平持续上升导致居住和消费模式的改变，也对传统的城市和城际交通提出了巨大挑战。运输需求已不仅仅是数量方面的增长，因此运输供给必须满足更多零距离换乘、无缝连接和一体化服务方面的要求。
我国运输问题的复杂性在于既包括发展问题，同时也包括体制改革问题。其中发展问题既包括主要属于运输化初级阶段的加速运输网主框架问题，也包括运输化得到一定发展后必须解决的连接性问题，还包括已无法回避的与资源环境实现均衡及可持续发展问题。而体制改革问题既包括从政府严格管制甚至包揽运输建设与运营活动，到转向与市场携手更好地以官民合作方式推动运输业发展，也包括从过去各种运输方式分别单独管理、条块分割的体制，尽快向综合性运输管理体制转变。在某种程度上可以说，目前和今后相当一段时期内我国运输业解决体制性障碍要比解决能力和技术问题更为紧迫，必须提高驾驭现代运输管理体制的能力。
提高运输效率的5条建议
目前我国国民经济和运输业发展的水平和状况，都已经到了必须从更高层次制定运输政策的阶段，即不仅考虑每种运输方式各自的系统效率，更要同时考虑综合运输、高效物流体系、全球化和可持续发展层面的问题，要求相应更高级别的综合管理部门发挥主导作用。为此提出的主要建议包括：
1、抓紧时机成立运输部。实现运输一体化必须要有组织机构和体制上的保证，综合运输主管机构运输部的组建，在很大程度上是我国综合运输体系能够尽快形成和进入良性运行的先决条件。目前我国公路、水运和民航业已经政企分开，设立综合性运输部的条件已经基本成熟，下一步是对铁路进行进一步改革。可通过成立国家铁路总公司的方式分离出目前铁道部的相关政府职能，并将其合并到运输部。
运输部的职能包括各项国家运输政策与法规、综合性运输规划、运输安全制度与监督、运输技术标准与规范、运输市场秩序(可分设运输市场监管机构)等；部内要设立对应各运输方式、城市交通和综合交通的主管司局，但政企一定要分开。铁路行业的进一步改革与重组，可在运输部的机构框架下研究实施。今后条件成熟时可进一步与目前的建设部、国土资源部等部门合并，形成更符合综合管理要求的机构体制。
2、明确综合运输规划主体。要尽快落实分级综合运输规划和实施的主体。除了要继续重视地区间运输通道的规划，也要加深对城市交通(包括市内、市郊及城市群内城际交通)的认识，重视城市综合规划对运输业进一步发展的重要作用。重要综合交通枢纽的规划和重要跨行政省市经济区的综合交通规划要列入国家运输规划体系。北京、上海、广州和其他若干特大城市由于在国家综合交通体系中的重要枢纽地位，必须设立专门的综合交通规划机构，统筹各种运输通道进出枢纽的走向布局、连接方式和各换乘转运中心的建设规模与时序，同时统筹这些运输通道与城市本身完成内部巨大客货流的交通设施的衔接问题。京津冀及环渤海、长三角、珠三角等若干城市连片区域由于经济总量的地位、城市化水平和跨行政省市的特点，原来分运输行业的规划和每个城市各自的交通规划都无法适应，因此也必须设立专门的综合交通规划机构。
3、确立综合运输规划的权威性。各种运输方式基础设施在物理上的相互连接或结合，是实现一体化运输服务的基础，而运输设施规划与设计一体化理念、工作程序和规范标准的形成，一定是有赖于综合运输管理体制的形成。而没有好的规划与设计，投资越大就可能浪费越大、效率损失越大。运输方式之间的连接和一体化必须作为建设综合运输体系的核心突出出来，各种运输方式都必须跳出过去自己单独发展的思维模式，服从综合运输体系所要求的各种运输方式一体化通过连接而实现的要求。重要综合交通枢纽的规划和跨行政区综合交通规划，必须具有与分运输方式的布局规划相同重要的地位与权威性，甚至在目前阶段还有必要更加突出。例如应该规定运输项目即便已经列入行业布局规划，但如不能与综合枢纽规划衔接，也一律不准开工建设。
4、统筹各种运输方式的发展。目前不同运输行业之间市场融资能力差别很大，而相对环境友好的铁路和城市公共交通在取得市场资金方面却弱很多。因此需要能够代表全社会利益的综合性政府机构发挥作用，倾斜资金投入，否则就不可能使已经处于阶段转换但仍背负很多需要补课欠账的铁路，和将在解决城市交通问题中起决定性作用的城市公交获得应有的发展。政府动员并有效使用资源的能力，特别是在综合运输领域统筹使用资源的能力至关重要。燃油税应该尽快实施并应对其合理使用尽早做出统筹安排。从国外特别是欧洲的经验看，燃油税不宜全部用于公路和汽车运输设施的建设；相反，向汽车使用者征收的一部分燃油税正应该转移到用于支持铁路、水运和城市公交等环境友好型运输工具的发展。制定综合运输政策和设立综合性运输管理机构的优势之一，就是能够克服体制障碍，可以实现不同运输方式之间的资源有效配置。要通过综合运输政策和体制改革有效防止铁路的边缘化。
5、重视综合性运输政策的制定与法制建设。定期研究、编制并公布综合性运输政策白皮书，已经成为各发达国家和欧盟等机构制定运输政策的规范程序，我国的香港和台湾也都分别多次启动这类程序。就综合性运输政策、重要运输规划和体制改革问题专门立法，更是国际上的通常做法。我们也到了用制定运输政策的正式程序，替代或减少该领域政策制定和实施中过多随意性的时候。还可以设立主要由专家学者组成的国家运输政策咨询委员会，帮助中央政府和立法机构在运输政策的制定领域提供咨询意见或者帮助把关。
运输业发展阶段性的转变已经提出尽快对政府管理体制进行相应调整、制定综合性运输政策与规划、促进运输业协调健康发展的强烈需要，而这些对于我们保障国家经济安全、提高国际竞争能力和全面建设小康社会，都是尤为重要的。