县医保局和卫健局都是2018年党政机构改革后新组建改革而来的政府组成部门。
县医保局整合了原来人社局的城镇职工和城乡居民基本医疗保险、生育保险职责，发改局的药品和医疗服务价格管理和民政局的医疗救助职责，主要任务是统筹城乡医疗保障，统筹药品、医用耗材、医疗服务项目和设施服务目录和价格、推进医疗保障支付及改革等事项。医保局下设医保中心，作为基层事业机构提供医保服务。
县卫健局由原来的卫计局改革而来，主要职责是负责组织实施辖区疾病防控规划，卫生应急工作，突发公共卫生事件防控及辖区卫生医疗机构的管理、监督等事项。辖区内疾控中心、防疫站、各大医院、卫生服务机构、卫校等均是卫健局管理的事业机构。从机构规模和权重来看，县卫健局要比医保局大得多。如果非要选择，个人建议选卫健局。有两个好处：
第一，晋升更容易。县医保局和卫健局都是正科级单位，两个单位平级，晋升天花板相近。但县卫健局因为机构大职数多，局部晋升空间要比医保局大，比如职级并行，县卫健局因为人数多名额也多，相对机会也多。更何况，县卫健局还有很多副科级的二层机构，包括一些正科级的医疗机构，符合条件的都可以提拔到这些岗位上，虽然是事业单位，好歹是科级领导岗位，比医保局只有局机关的科级领导岗位要强。
第二，可用资源更多。如前所述，县卫健局掌握着辖区医疗机构和服务管理职责，这些机构和部门都事关百姓民生，影响力非常大，作为行业的主管部门，县卫健局权力和地位自然水涨船高，可用的资源也更多。比如个人和家庭要找好一点的医疗机构，在县卫健局便有很多便利。人们常说在一个城市生活，一定要认识一个老师，一个警察，一个医生。在卫健局工作，刚好满足其中一条，可见其重要性。在这方面，虽然医保局也有资源，但相对卫健局要弱势得多。