根据《劳动合法》的相关规定如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司只是因为员工自动离职不发放工资是不合法的。
自动离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走;未说明原因不辞而别;受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属自动离职。属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条、劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》(劳部发〔1996〕354号)第18条规定，因此对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。用人单位要求劳动者赔偿损失的，应当承担举证责任。
工资，是指用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。劳动者付出了劳动，用人单位即应按照合同约定的标准支付报酬。根据劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，无论是解除合同是否合法，用人单位均应在解除合同之时一次性结清工资。
赔偿损失与结清工资是不同的法律关系，二者应当分别计算，合并结算。
如果是给用人单位对自动离职的员工拒发工资，有以下两个途径可以要求支付工资：
1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉;
2、可以到当地劳动局(人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会)申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。