行政主体与行政机关两个概念的关系极为密切。行政机关是行政主体的一种，也是行政主体中最重要的一种。在行政主体中，法律、法规授权的组织只占较小的比重，国家基本的主要的行政职权都是由行政机关行使的。以至在很多情况下，人们将“行政机关”作为行政主体的代名词。
但是，行政机关与行政主体仍然是有重要区别的。这些区别主要如下：
首先，行政主体是行政法律关系一方当事人的总称，在行政管理法律关系中，它与行政相对人相对，是行政相对人的对称；在行政法制监督关系中，它与行政法制监督主体相对，是监督主体的对称。而行政机关只是行政法律关系具体当事人的称谓，与法律、法规授权的组织，以及法律关系对方当事人的公民、法人或其他组织等并列。
其次，行政主体主要是一种行政法学的概念，而行政机关主要是一个具体法律概念，用以指称享有某种法律地位，具有某种权利(权力)、义务(职责)的法律组织。
此外，行政主体与行政机关具有包容关系，前者包容后者。尽管行政机关在行政主体中占有极大的比重，但毕竟行政机关不是行政主体的全部，行政主体除了行政机关以外，还包括法律、法规授权的组织。