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公司对职工进行罚款，并直接从工资中予以扣减，原则违反劳动合同法规定。
企业对职工的罚款权最早是规定《企业职工奖惩条例》，该条例规定企业可以根据情况对职工进行经济处罚和行政处分。但该条例于2008年1月15日废止，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
当然，企业是不能对员工进行罚款。但，若员工若在工作中给公司造成经济损失，公司是要求员工承担经济赔偿责任。这时候，赔偿的经济责任将可以直接从员工的工资中扣减。劳动部《工资支付暂行规定》第16条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定，要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。当然，基于最低工资保障，所以扣减工资后不得低于当地最低工资标准。