中国科学技术大学是中国科学院直属的一所以理学为特色优秀大学，国防科技大学是中中央军委直属的一所综合性大学，两所学校都是非常好的学校，985、211、双一流等光环都差不多，不必过多列举。两校共同点：都是招生人数很少、精炼强悍的大学。但是两所学校的毕业生将来的发展的道路是完全不同的，很难分出哪个更好，只能根据个人的价值取向去做一个选择。
从考取难度上看。中国科学技术大学需要更高的分数，在中国所有的大学中，是华东五校一个档次的，是仅次于清华、北大的第二梯队高校。国防科技大学的录取分数虽然相对较低，非指挥类专业的录取分数一般也和中等偏上的985大学相当，指挥类专业分数更低一些，同时需要考生通过体检和政审。一般高分考生的价值取向，两所学校中更偏向中国科学技术大学。中国科技录取难度更高
从毕业生将来发展方向上来看。中国科学技术大学读研深造比例非常大，2017年应届毕业生总体读研比例达到73.8%，包括出国深造的28.7%。可以说，进入中国科学技术大学的学生出国并不是太难的事，中国科大基本是在各类科研、研发、教学类单位发展。国防科学技术大学学生，入学既参军，享受军人待遇，毕业生是包分配的，只是去的单位不同，指挥类专业毕业生全是基层作战部队，其它专业毕业生有的是军队科研单位，也有作战单位的技术岗位。毕竟是军人身份，组织安排的影响较大，将来发展的个人自主性会差一些。
学科发展上，两校各有侧重，中国科大以理科基础科学、高新技术为主的，国防科大是军校，而且曾合并多所军校，包括指挥类院校，多个学科综合发展。并且国防科大的特殊性，难以比较学科的真实发展情况。可以说两校各有千秋。
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