结局可以说这个电影最难懂的部分，
也可以说很意味深长，很多人说是画蛇添足，其实不是的。
大家肯定记得柯尔特·史蒂文在执行完任务后对女军官古德温说，还要再次进入Source Code，去救克莉丝汀，并要求8分钟后结束现实世界里的昏迷不醒的柯尔特·史蒂文的生命。女军官古德温并不相信他能够改变Source Code的一切，因为她认为8分钟后就没有任何意义了（大家要记住此时的古德温是现实世界的古德温）。但是出于对柯尔特·史蒂文的同情她还是同意了他的要求，将他送进了Source Code。
记住，此时是在Source Code，这也是柯尔特·史蒂文最后一次进入Source Code，结合体柯尔特肖恩惩治了恐怖分子德瑞克弗罗斯特，并刚好在第8分钟kiss了克莉丝汀，而此时现实世界的女军官古德温也刚好结束了柯尔特·史蒂文生命。但是奇迹出现了，Source Code里的柯尔特肖恩并没有死，这是为什么呢？
首先来说，电影里解释说两个世界是平行的，所以现实世界女军官古德温关掉仪器开关造成柯尔特·史蒂文死亡并不能影响Source Code里的结合体柯尔特肖恩，反而在某种程度上来讲刚好促成了Source Code里的结合体柯尔特肖恩可以不死；其次也许这就是爱的力量（电影里常常讲的）。
接下来就好解释了，因为镜头接下来发生的所有事情都是在Source Code里面进行的，有些人之所以看不懂结局也许就是因为把下面发生的事还当做是在现实世界。结合体柯尔特肖恩在列车上给女军官古德温发了一条短信（此时已经把恐怖分子烤在了火车上，并且打过电话报警），这个短信是关键。其实阅读短信的那个女军官古德温并不是电影刚开始出现的那个现实世界的女军官古德温，而是Source Code里的军官古德温，她也并不知道是谁给她发的短信，当她面对博士看到手机短信上凶手的名字和别人说的一样的时候，并不知道这一切是怎么回事。
她看到躺在仪器箱子里活着的柯尔特·史蒂文也是真正的Source Code里的柯尔特·史蒂文，并不是在现实世界里死去的柯尔特·史蒂文，此时的一切都是发生在与现实世界平行的Source Code世界，而结合体柯尔特肖恩和克莉丝汀也过上了幸福而有美好的生活。