因为三姑见过皇上的面貌，而她手下的如烟又知道了那个人是皇上，以及包龙星求皇上的事情，那么在皇上面前，当然要包庇包龙星才是上策，否则等着关门么？惹皇上好还是惹水师提督/刑部尚书好呢？
况且，应该也是知道包龙星冤案，希望能帮助他，故事前面这个三姑感觉挺凶的，但后面这三姑还是有善良的一面，还是能明辨是非的
而且，皇上之前已经说了，谁要是把他微服召妓之事说出去，就诛他九族。。。三姑要是承认包龙星是龟公的话，那就是意思皇上是在妓院认识他的。。之前刑部尚书也曾问过皇上怎么会认识他。。莫非。。所以三姑要是承认了，就间接表明皇上去过凤来楼。。。然后。。。准备诛九族吧。
个人认为这是一个讽刺细节：那些高官拿着丰厚的俸禄不但不做本分的事，还官官相护，污蔑包龙星。然而，一个妓院老板娘却以一颗淳朴的心帮助了包龙星，一方面体现了老板娘重情重义，另一方面更加突出了那些官员的虚伪。根本而言，是讽刺社会的腐败和赞扬底层老百姓的良心。