儒家经典《大学》云：“物有本末，事有终始。知所先后，则近道矣。”万事万物都是有根本有末梢，有开始有终结的。人体的经脉也不例外。《灵枢》第五篇“根结”就是讲经脉的本末终始的。“根”是经脉之气开始发生的地方，“结”就是经脉之气终结的地方。经脉的根穴和结穴在哪里呢？这些穴位在治疗上有什么作用呢？岐伯的回答：
“岐伯曰：天地相感，寒暖相移，阴阳之道，孰少孰多，阴道偶，阳道奇。发于春夏，阴气少，阳气多，阴阳不调，何补何泻？发于秋冬，阳气少，阴气多，阴气盛而阳气衰，故茎叶枯槁，湿雨下归，阴阳相移，何泻何补？奇邪离经，不可胜数，不知根结，五藏六府，折关败枢，开阖而走，阴阳大失，不可复取。九针之玄，要在终始。故能知终始，一言而毕；不知终始，针道咸绝。”
岐伯说:天地相互感应，寒热相互推移。阴阳大道，谁多谁少？——是阴多阳少还是阳多阴少？阴阳的象数各不相同，阴的法则是偶数，阳的法则是奇数。疾病发生在春夏之季，因春夏属阳，夜短昼长，是阴气少而阳气多的季节。故疾病的病性一般也是阴气少阳气多，对于这一类阴阳不调的疾病，应该怎样使用补法和泻法呢？疾病发生在秋冬之季，因秋冬属阴，夜长昼短，是阳气少而阴气多的季节，故疾病的病性一般也是阴气多阳气少，由于此时阴气旺盛而阳气偏衰，所以草木会因为茎叶得不到阳气的温煦而枯萎凋落，水湿会下渗到根部滋养它的根，因此根部就会变得粗壮，这样就顺应了自然界的阴阳消长而完成了阴阳的相互转化。根据这种阴阳盛衰相移的情况，发生在秋季的疾病又该如何使用补法和泻法呢？“奇邪离经，不可胜数”：奇邪，不正的邪气，也就是 “虚邪贼风”；离，同罹，遭遇、侵入的意思。不正的邪气侵入经络而导致的疾病真是数不胜数。这主要是因为“不知根结”不懂经脉的起点和终点，才使异常的邪气侵入脏腑，使脏腑功能失调，枢机败坏，开阖不正常，精气走泻最终体内的阴阳之气极大的耗损，正气也不能再起而抗邪。“九针之玄，要在终始”：九针运用的玄妙关键就在于了解经脉的起点和终点——也就是根结。如果了解经脉的起点和终点，那么针刺的道理一说就清楚了；如果不了解经脉的起点和终点，针刺的理论也就要消亡了。
那么十二经脉的根和结——起点和终点究竟在什么地方呢？岐伯首先说了足三阳经的根和结：
“太阳根于至阴，结于命门，命门者目也。阳明根于厉兑，结于颡大，颡大者钳耳也。少阳根于窍阴，结于窗笼，窗笼者耳中也。太阳为开，阳明为阖，少阳为枢。”
足太阳膀胱经的起点在足小趾外侧的至阴穴，终点在面部的命门。命门就是内眼角的睛明穴。
足阳明胃经的起点在足第二趾末节外侧的厉兑穴（距趾甲角0.1寸)，终点在额角处的颡大——额头的大角，在额头的大角入发际五分的地方，也就是头维穴。
足少阳胆经的起点在足窍阴穴——第4趾末节外侧，距趾甲角0.1寸处，终点在耳部的窗笼。所谓窗笼就是耳孔前面凹陷的听宫穴（张口时呈凹陷处）。总的来说足三阳经的起点都在脚趾上，终点都在头面部。
太阳为开，因为太阳是三阳的最外表（最后边），负责表面的疾病，称作开。
阳明为阖，因为阳明是三阳最里边（最前边），负责身体内部的疾病，称作阖。
少阳为枢，因为少阳介于表里之间，可转输内外，如门户之枢纽。
再看足三阴经的根和结：
“太阴根于隐白，结于太仓。少阴根于涌泉，结于廉泉。厥阴根于大敦，结于玉英，络于膻中。太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。”
足太阴脾经的起点在足大趾内侧端的隐白穴，终点在上腹部的太仓即中脘穴（胸骨下端和肚脐连接线的中点）。
足少阴肾经的起点在足心的涌泉穴，终点在咽喉部的廉泉穴（结喉上方，舌骨上缘凹陷处）。
足厥阴肝经的起点在足大趾外侧端的大敦穴，终点在胸部的玉英穴即玉堂穴（在胸部正中线上，第3肋间），络于膻中穴。总的来说足三阴的起点都在脚趾或脚心，终点都在胸腹部或咽喉部。
太阴是三阴之表而为开，厥阴为三阴之里而为阖，少阴介于表里之间为枢。
讲完足三阳、足三阴的根结以后，并没有说手三阳手三阴的根结，而是接着说了足三阳、手三阳的根、溜、住、入。
“足太阳根于至阴，溜于京骨，注于昆仑，入于天柱、飞扬也。足少阳根于窍阴，溜于丘墟，注于阳辅，入于天容、光明也。足阳明根于厉兑，溜于冲阳，注于下陵，入于人迎、丰隆也。”
足太阳膀胱经起源于至阴穴（井穴），流入京骨穴（原穴），注入昆仑穴（经穴），上面到达颈部的天突穴，下面到达足部的飞扬穴（络穴）。
足少阳胆经起源于足窍阴穴（井），流入丘墟穴（原穴），注入阳辅穴（经穴），上面到达颈部的天容穴，下面到达足部的光明穴（络穴）。
足阳明胃经起源于厉兑穴（井穴），流入冲阳穴（原穴），注于三里穴（合穴），上面进入颈部的人迎穴，下面进入足部的丰隆穴（络穴）。
总的来说，足三阳 都是起源于六输穴的第一个穴位井穴（都在脚趾），流于六输穴的第四个穴位原穴（基本上在脚踝骨周围），注于六输穴的第五个穴位经穴或者第六个穴位合穴（大都在脚踝骨以上或者膝关节附近），上面到达颈部，下面到达足部。
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再看手三阳的根、溜、注、入：
“手太阳根于少泽，溜于阳谷，注于小海，入于天窗、支正也。手少阳根于关冲，溜于阳池，注于支沟，入于天牖、外关也。手阳明根于商阳，溜于合谷，注于阳溪，入于扶突、偏历也。此所谓十二经者，盛络皆当取之。”
手太阳小肠经起源于井穴少泽穴（在手小指末节外侧，距指甲角0.1寸），流于经穴阳谷穴，注入合穴小海穴，上面进入头部的天窗穴，下面进入前臂外侧的支正穴。
手少阳三焦经起源于井穴关冲穴（在手无名指尺侧端，距指甲角0.1寸），流入原穴阳池穴，注入经穴支沟穴，上面进入头部的天牖穴，下面进入前臂外侧的外关穴。
手阳明大肠经起源于井穴商阳穴（在手食指末节外侧，距指甲角0.1寸），流入原穴合谷穴，注入经穴阳溪穴，上面进入颈部的扶突穴，下面进入前臂外侧的偏历穴。
总之手三阳都是起源于井穴，流注于经穴、原穴、合穴，然后上到达头颈部，下到达前臂。
要注意的是这些经脉虽然都有起点和终点，但并不是断开的，而是互相连接，一般都在手指足趾和头面部相互连接，如环无端的。经气就在这个网络系统中不断运行，那么经气在经脉中是怎样运行的呢？岐伯说：
“一日一夜，五十营，以营五藏之精，不应数者，名曰狂生。所谓五十营者，五藏皆受气，持其脉口，数其至也，五十动而不一代者，五藏皆受气。四十动一代者，一藏无气；三十动一代者，二藏无气。二十动一代者，三藏无气。十动一代者，四藏无气。不满十动一代者，五藏无气。予以短期，要在终始。所谓五十动而不一代者，以为常也，以知五藏之期。予之短期者，乍数乍踈也。”
经脉之气一昼夜在人体内运行五十周，以此来运行五脏的精气。如果运行太过或不及，不能恰好达到五十次的话，人就会生病，称做狂生。所谓运行五十周的主要作用就是要使五脏都能得到精气的营养。
经脉之气是否运行够五十周是可以从脉象上表现出来的，只要通过计算其搏动的次数就可以知晓。如果在切按寸口脉时，脉搏在五十次的跳动中未停止，说明五脏都能接受精气而健全。
“五十动而不一代”的“代”字，在《难经》中作“止”，意为脉动五十次中没有一次停止。如果脉搏在四十次跳动中有一次停止，就说明其中有一脏衰败了。如果脉搏在三十次跳动中有一次停止，说明有两脏衰败了。如果在二十次跳动中有一次停止，说明有三脏衰败了。如果十次中便有一次停止，是四脏衰败了。如果脉跳不足十次就有停止，就说明五脏精气都衰败了。
因此，根据脉搏的跳动停止就可以预测出患者的死期。脉搏跳动五十次而不歇止的是五脏正常的脉象，可以借此预测五脏的精气情况。“予之短期者，数乍踈也”，就是说预测一个人在短期内是否会死亡，是可以从脉搏跳动是否有停止或出现忽快忽慢不规律的情况来断定的。
这一篇的最后讲了形气与病气有余不足的四种不同临床表现，告诫我们针刺要领在于调和阴阳、合于形气：“用针之要，在于知调阴与阳。调阴与阳，精气乃光；合形与气，使神内藏”。
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