科学家们到目前为止还不能解释这些鲸鱼为什么会“搁浅”，但大多数解释都与其体内的回声定位系统有关。一条巨鲸的眼睛只有一个小西瓜那样大，而且视力极度退化，一般只能看到17米以内的物体，这与其庞大的身躯极不协调。它们并不依靠眼睛来导航、测物和捕食，而是拥有一种高灵敏度的回声测距本领。
它们发射出频率范围极广的超声波，这种超声波遇到障碍物即反射回来，形成回声。鲸鱼就根据这种超声波的往返时间来准确地判断自己与障碍物的距离。
内脏不适、出现寄生虫，或者系统本身的原因，都可能使回声定位系统出现故障，让鲸鱼迷失方向、四处乱窜。
也有科学家认为，当鲸鱼为了捕食随水势误入地形平缓的水域，一旦退潮会造成搁浅；而当它们为了追食鱼群而游进海湾，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接受不到回声，也会因此迷失方向。鲸鱼是恋群动物，如果有一条鲸鱼冲进海滩搁浅，其余的就会奋不顾身地跟随上去，造成群死群伤的悲剧。
环境污染也被环保主义者和科学家认为是鲸鱼搁浅的原因。科学家们认为，那些污染海水的化学物质可能扰乱了鲸鱼的感觉。此外，法国拉罗谢尔海洋哺乳类动物研究中心副主任科列德博士认为，军舰声呐和回声控测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱。